Trudno jest zaakceptować sytuację, w której moc wiążąca prawomocnego wyroku w sprawie wysokości stwierdzonej nadpłaty zostanie zniwelowana poprzez późniejsze doręczenie decyzji wymiarowej organu podatkowego. A do tego właśnie prowadzi nowy przepis ordynacji podatkowej
Od 2016 r. ordynacja podatkowa przewiduje wygaśnięcie decyzji stwierdzającej nadpłatę podatku. Wygasa ona, zgodnie z nowym art. 259a, z dniem doręczenia decyzji wymiarowej, czyli określającej wysokość zobowiązania podatkowego w zakresie tego samego podatku oraz za ten sam rok podatkowy lub inny okres rozliczeniowy, wydanej w wyniku postępowania wszczętego z urzędu. Innymi słowy podatnik, mający w ręku decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty, nie jest pewien, aż do momentu przedawnienia zobowiązania podatkowego, czy organ podatkowy nie dokona wszczęcia postępowania podatkowego z urzędu i doręczając mu decyzję wymiarową, nie spowoduje wygaśnięcia z mocy prawa decyzji o nadpłacie.
W uzasadnieniu projektu ustawy nowelizującej (ustawa z 10 września 2015 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw, Dz.U. z 2015 r. poz. 1649) czytamy: „Stwierdzenie nadpłaty w zakresie żądania podatnika, ograniczonego do konkretnych okoliczności faktycznych i dowodów potwierdzających ich zaistnienie, nie oznacza akceptacji prawidłowości całego samoobliczenia podatku. Decyzje o stwierdzeniu nadpłaty są decyzjami »cząstkowymi« i mogą funkcjonować w obrocie prawnym równolegle bez ich formalnego wzruszania. Decyzja określająca wysokość zobowiązania podatkowego wydana w toku postępowania wszczętego z urzędu, ponieważ jest decyzją kompleksową i obejmuje wszystkie elementy stanu faktycznego, również te, które były objęte wcześniejszymi decyzjami cząstkowymi, powinna zastąpić decyzje cząstkowe. Właściwe po wydaniu z urzędu decyzji określającej będzie wygaśnięcie z mocy prawa decyzji stwierdzających nadpłaty (art. 259a Ordynacji podatkowej)”.