Wyrok zapadł w sprawie gminy, która realizuje inwestycję obejmującą wzniesienie budynku wraz z instalacjami oraz budowę infrastruktury towarzyszącej (m.in. dojazdu, parkingu, kanalizacji, oświetlenia i miejsca do składowania odpadów). Budynek ma mieć wielofunkcyjny charakter, ale przede wszystkim mają być w nim świadczone usługi związane z ochroną zdrowia.

Część powierzchni na wynajem, część dla gminy

Część powierzchni zostanie przeznaczona na wynajem dla podmiotów gospodarczych, takich jak zakład podstawowej opieki zdrowotnej, apteka i centrum fizjoterapii. Pozostała powierzchnia będzie zajmowana przez jednostki organizacyjne gminy.

Ponieważ wydatki inwestycyjne dotyczą zarówno działalności opodatkowanej, jak i niepodlegającej opodatkowaniu, gmina musi ustalić proporcję odliczenia VAT. Gmina uważała, że właściwym rozwiązaniem będzie metoda powierzchniowa, czyli porównanie powierzchni przeznaczonej na wynajem z całkowitą powierzchnią użytkową budynku. Taki sposób ustalenia prewspółczynnika obiektywnie odzwierciedla rzeczywisty stopień wykorzystania obiektu do działalności gospodarczej – przekonywała gmina we wniosku o interpretację.

Twierdziła, że metoda z rozporządzenia ministra finansów z 17 grudnia 2015 r. (t.j. Dz.U. z 2021 r. poz. 999), oparta na całokształcie dochodów jednostki samorządu, będzie nieadekwatna. Nie odzwierciedla ona sposobu wykorzystania tego konkretnego budynku i będzie prowadziła do nieuzasadnionego zaniżenia prawa do odliczenia VAT – argumentowała gmina.

Spór między gminą a fiskusem o prewspółczynnik VAT

Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej był jednak innego zdania. Stwierdził, że metoda powierzchniowa nie odzwierciedla specyfiki prowadzonej przez gminę działalności i nie uwzględnia wszystkich wpływających na nią elementów. Dlatego w tym przypadku należy zastosować metodę z rozporządzenia – wyjaśnił.

Tego samego zdania był Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie (sygn. akt I SA/Kr 1619/21). Uznał, że metoda zaproponowana przez gminę, odwołująca się tylko do powierzchni wykorzystywanej w działalności gospodarczej, nie uwzględniała rzeczywistego charakteru działalności gminy ani sposobu finansowania jej wydatków. Gmina nie udowodniła, w jaki sposób jej metoda dokładniej odzwierciedla relacje między wydatkami na działalność gospodarczą a działalnością inną niż gospodarcza – stwierdził WSA.

Zasadą jest metoda z rozporządzenia

Naczelny Sąd Administracyjny utrzymał w mocy wyrok sądu I instancji. O takim rozstrzygnięciu - jak podkreśliła sędzia Danuta Oleś - zdecydowała konstrukcja skargi kasacyjnej. W ocenie NSA gmina nie podała przekonujących argumentów za tym, że metoda powierzchniowa jest w jej przypadku bardziej adekwatna niż sposób obliczeń wskazany w rozporządzeniu MF.

Zdaniem sądu kasacyjnego zasadą jest stosowanie metody obliczania proporcji określonej w rozporządzeniu, a odstępstwo od tego wymaga wykazania, że inny sposób obliczeń jest bardziej reprezentatywny dla specyfiki działalności danej jednostki.

Wyrok NSA z 3 października 2025 r., sygn. akt I FSK 1324/22