W sprawie rozpatrywanej przed NSA spółka nabyła nieruchomość od osoby fizycznej, która przy sporządzaniu aktu notarialnego oświadczyła, że jest podatnikiem VAT. Zgodnie z przepisami, jeśli jedna strona transakcji jest podmiotem rozliczającym VAT, to nie trzeba płacić podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC).

Krótko po zawarciu umowy sprzedawca wystąpił do naczelnika urzędu skarbowego o stwierdzenie nadpłaty w VAT. Organ podatkowy zwrócił sprzedawcy VAT, uznając, że sprzedaż działek nie podlegała temu opodatkowaniu. Ale wszczął wobec spółki postępowanie, którego celem było wymierzenie zobowiązania z tytułu PCC.

Spółka zaskarżyła tę decyzję do sądu, twierdząc, że został wobec niej zastosowany mechanizm podwójnej zapłaty podatku bo sprzedawca występuje jako podatnik VAT i nie musi płacić PCC. Jednak NSA nie wydał orzeczenia korzystnego dla spółki. Aleksandra Wrzesińska-Nowacka, sędzia sprawozdawca, stwierdziła, że w tej sprawie organ podatkowy nie naruszył procedur. Sprawy dotyczyły dwóch odrębnych podatków – VAT i PCC, a obowiązek ich rozliczenia dotyczył odrębnych podmiotów – sprzedającego i kupującego, dlatego skarga spółki została oddalona.

Sygn. II FSK 2168/09. Wyrok jest prawomocny.