5 marca 2015 na wokandzie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej zawisła skarga Komisji Europejskiej przeciwko Francji i Luksemburgowi o uchybienie zobowiązaniom państwa członkowskiego. Okazało się bowiem, że dostawa książek elektronicznych jest objęta w tych krajach obniżoną stawką VAT. Od początku 2012 r. Francja i Luksemburg stosowały stawkę wynoszącą odpowiednio 5,5 % i 3 % dla dostawy e-booków (pobieranych na urządzenie lub czytane przez strumieniowanie ze strony www). Komisja Europejska oskarżyła oba kraje o naruszenie przepisów unijnej dyrektywy VAT (dyrektywa Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej). W orzeczeniach o sygnaturach C-479/13 oraz C-502 /13 Trybunał uznał, że racja leży po stronie Komisji.

W ocenie Trybunału obniżona stawka VAT ma zastosowanie wyłącznie do dostaw towarów i świadczenia usług, o których mowa w załączniku III do dyrektywy VAT. Załącznik ten wymienia między innymi „dostarczanie książek na wszystkich nośnikach fizycznych”. Zdaniem Trybunału taki fizyczny nośnik nie jest dostarczany wraz z zakupem e-booka, pomimo, że do odczytania jego treści niezbędne jest użycie odpowiedniego urządzenia (np. czytnika, laptopa, tabletu , itp.). 

Stawka VAT na książki drukowane wynosi w Polsce 5 proc., na e-booki - 23 proc.

Trybunał analizując dyrektywę VAT stwierdził, że wyklucza ona możliwość zastosowania obniżonej stawki dla usług świadczonych drogą elektroniczną, a taką usługą według Trybunału jest właśnie dostawa e-booków. Obrona próbowała argumentować, że w przypadku książek elektronicznych mamy do czynienia tak naprawdę z dostawą towaru - tak jak ma to miejsce w sytuacji zakupu tradycyjnej książki - a nie usługą. Trybunał nie podzielił jednak takiego punktu widzenia i zaznaczył, że w sprzedaży e-booków nie dochodzi do dostawy fizycznych nośników, które można by zakwalifikować jako towar.

Po ogłoszeniu wyroku kilka państw - Francja, Polska, Niemcy i Włochy - zwróciło się do Komisji Europejskiej z wnioskiem o zmianę dotychczasowego traktowania e-booków w dyrektywie VAT. Szef Komisji, Jean-Claude Juncker, zapowiedział rewizję unijnych regulacji w zakresie VAT na publikacje w wersji cyfrowej. W połowie 2016 roku Bruksela ma przedstawić projekt konkretnych zmian. Tylko bowiem po zmianie brzmienia dyrektywy vatowskiej możliwe będzie wprowadzenie w państwach UE preferencyjnych stawek podatkowych na publikacje elektroniczne bez ryzyka przegrania sprawy w unijnym Trybunale.

Równe traktowanie podatkowe drukowanych i elektronicznych książek gorąco wspiera branża e-booków (w tym m.in. Amazon), dla których wyższa stawka VAT (w Polsce - 23 proc.) jest jednym z głównych hamulców rozwoju tego segmentu rynku. Producenci i dystrybutorzy e-książek argumentują, że niezależnie od formatu najistotniejszym elementem książki pozostaje treść, która jest de facto identyczna na papierze i w zapisie elektronicznym.

Według raportu Virtualo polski rynek e-booków powstał właściwie w 2010 roku i wtedy miał wartość 2 mln złotych sprzedaży netto. W kolejnych latach jego wartość ulegała rokrocznie podwojeniu. W zeszłym roku wartość tego rynku szacowano na 40 mln zł. Prognoza na bieżący rok oscyluje wokół 60 mln. Główną barierę w rozwoju rynku zeszłoroczny raport upatrywał właśnie w wysokiej stawce VAT. Drugą barierą jest piractwo.