Menedżerowie od lat są traktowani jako kategoria podatników, która powinna ponosić wyższe obciążenia podatkowe. Bez względu bowiem na to, czy prowadzą działalność gospodarczą, która co do zasady uprawnia do zastosowania liniowej stawki podatku, w ich przypadku dochody osiągane z pracy zawsze podlegają opodatkowaniu według skali podatkowej. Jednak od reguły są wyjątki.
Dochód stanowiący nadwyżkę między wartością rynkową akcji objętych (nabytych) przez osoby uprawnione na podstawie uchwały walnego zgromadzenia a wydatkami poniesionymi na ich objęcie (nabycie) nie podlega opodatkowaniu w momencie objęcia (nabycia) tych akcji (art. 24 ust. 11 ustawy z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, (t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 361 ze zm.). Innymi słowy, wystąpienie nadwyżki pomiędzy wartością rynkową akcji a wydatkami poniesionymi na ich objęcie nie stanowi przychodu podatkowego aż do dnia ich zbycia. Dopiero w momencie zbycia pojawi się podatek od osiągniętego dochodu, obliczany z zastosowaniem stawki 19 proc. Zatem dochód z realizacji programu przewidującego nabycie, a następnie sprzedaż akcji, zostanie opodatkowany preferencyjnie w porównaniu do dochodów menedżera, osiąganych z wykonywanej pracy.
Akcje nabywane przez menedżerów mogą pochodzić z nowej emisji, i mogą także zostać nabyte przez spółkę. W przypadku skorzystania z tej drugiej opcji, po stronie spółki pojawi się dodatkowy koszt uzyskania przychodów. Przykładowo, spółka dokona nabycia własnych akcji po cenie rynkowej, wynoszącej 100 zł, menedżerom zaś sprzeda je za 1 zł. Zyskują zatem menedżerowie, którzy różnicę (99 zł) opodatkują stawką 19 proc., oraz spółka, która rozpozna 99 zł straty podatkowej. Takie stanowisko podzielił np. dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji indywidualnej z 3 marca 2013 r., nr ILPB3/423-95/13-4/AO. Co więcej, ostatnio w kilku wyrokach (np. wyrok WSA w Gdańsku z 24 kwietnia 2012 r., sygn. akt SA/Gd 237/12) potwierdzone zostało, że spółka, realizując opisany wyżej program, nie musi dokonywać zakupu własnych akcji, lecz może kupić akcje innych podmiotów i przekazać je następnie menedżerom.
Programy opcyjne mogą być także realizowane w grupie spółek. Zdaniem organów podatkowych koszty organizacji programu motywacyjnego, poniesione najpierw przez spółkę matkę, a następnie przeniesione na spółkę córkę, mogą być traktowane przez spółkę córkę jako koszty uzyskania przychodu. Takie stanowisko przedstawił dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z 11 lutego 2014 r., nr IPPB5/423-976/13-2/AS. Przez koszty programu motywacyjnego, które są przeniesione na spółkę córkę, można rozumieć nadwyżkę między wartością rynkową akcji w spółce matce, a wydatkami poniesionymi przez menedżerów w celu ich nabycia. Organy podatkowe zgadzają się, że umożliwienie menedżerom nabycia akcji w spółce matce w ramach programu motywacyjnego ma na celu zwiększenie rentowności spółki córki.
Programy opcyjnie mogą także dotyczyć akcji fantomowych. Według organów podatkowych nabycie przez pracowników/menedżerów w ramach programu motywacyjnego instrumentów pochodnych (opcje na akcje, warranty itp.), które są instrumentami finansowymi w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy z 29 lipca 2005 r. o obrocie instrumentami finansowymi (t.j. Dz.U. z 2014 r. poz. 94 ze zm.), jest opodatkowane w momencie wykonania określonych w nich praw lub ich zbycia. Na moment nabycia instrumentu pochodnego pracownik nie jest zobowiązany do zapłaty podatku.