Dochód stanowiący nadwyżkę między wartością rynkową akcji objętych (nabytych) przez osoby uprawnione na podstawie uchwały walnego zgromadzenia a wydatkami poniesionymi na ich objęcie (nabycie) nie podlega opodatkowaniu w momencie objęcia (nabycia) tych akcji (art. 24 ust. 11 ustawy z 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych, (t.j. Dz.U. z 2012 r. poz. 361 ze zm.). Innymi słowy, wystąpienie nadwyżki pomiędzy wartością rynkową akcji a wydatkami poniesionymi na ich objęcie nie stanowi przychodu podatkowego aż do dnia ich zbycia. Dopiero w momencie zbycia pojawi się podatek od osiągniętego dochodu, obliczany z zastosowaniem stawki 19 proc. Zatem dochód z realizacji programu przewidującego nabycie, a następnie sprzedaż akcji, zostanie opodatkowany preferencyjnie w porównaniu do dochodów menedżera, osiąganych z wykonywanej pracy.
Akcje nabywane przez menedżerów mogą pochodzić z nowej emisji, i mogą także zostać nabyte przez spółkę. W przypadku skorzystania z tej drugiej opcji, po stronie spółki pojawi się dodatkowy koszt uzyskania przychodów. Przykładowo, spółka dokona nabycia własnych akcji po cenie rynkowej, wynoszącej 100 zł, menedżerom zaś sprzeda je za 1 zł. Zyskują zatem menedżerowie, którzy różnicę (99 zł) opodatkują stawką 19 proc., oraz spółka, która rozpozna 99 zł straty podatkowej. Takie stanowisko podzielił np. dyrektor Izby Skarbowej w Poznaniu w interpretacji indywidualnej z 3 marca 2013 r., nr ILPB3/423-95/13-4/AO. Co więcej, ostatnio w kilku wyrokach (np. wyrok WSA w Gdańsku z 24 kwietnia 2012 r., sygn. akt SA/Gd 237/12) potwierdzone zostało, że spółka, realizując opisany wyżej program, nie musi dokonywać zakupu własnych akcji, lecz może kupić akcje innych podmiotów i przekazać je następnie menedżerom.
Programy opcyjne mogą być także realizowane w grupie spółek. Zdaniem organów podatkowych koszty organizacji programu motywacyjnego, poniesione najpierw przez spółkę matkę, a następnie przeniesione na spółkę córkę, mogą być traktowane przez spółkę córkę jako koszty uzyskania przychodu. Takie stanowisko przedstawił dyrektor Izby Skarbowej w Warszawie w interpretacji z 11 lutego 2014 r., nr IPPB5/423-976/13-2/AS. Przez koszty programu motywacyjnego, które są przeniesione na spółkę córkę, można rozumieć nadwyżkę między wartością rynkową akcji w spółce matce, a wydatkami poniesionymi przez menedżerów w celu ich nabycia. Organy podatkowe zgadzają się, że umożliwienie menedżerom nabycia akcji w spółce matce w ramach programu motywacyjnego ma na celu zwiększenie rentowności spółki córki.
Programy opcyjnie mogą także dotyczyć akcji fantomowych. Według organów podatkowych nabycie przez pracowników/menedżerów w ramach programu motywacyjnego instrumentów pochodnych (opcje na akcje, warranty itp.), które są instrumentami finansowymi w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 2 ustawy z 29 lipca 2005 r. o obrocie instrumentami finansowymi (t.j. Dz.U. z 2014 r. poz. 94 ze zm.), jest opodatkowane w momencie wykonania określonych w nich praw lub ich zbycia. Na moment nabycia instrumentu pochodnego pracownik nie jest zobowiązany do zapłaty podatku.