W wydanej 5 listopada interpretacji ogólnej minister potwierdził stanowisko, które zaprezentował na łamach DGP już 7 października 2013 r. W dokumencie wyjaśnił, że mimo iż w ocenie organów podatkowych niepublicznym zakładom nie przysługiwało takie zwolnienie, to pogląd ten kwestionowały sądy administracyjne. Mowa tu o wyrokach NSA m.in. z 8 października 2008 r. ( I FSK 978/07), 13 października 2011 r. (II FSK 682/10), 5 kwietnia 2012 r. (II FSK 1828/10), 26 kwietnia 2012 r. (II FSK 1937/10) i 27 sierpnia 2013 r. (II FSK 2501/11).

Na bazie obowiązującej do 30 czerwca 2011 r. ustawy o zakładach opieki zdrowotnej (Dz.U. z 2007 r. nr 14, poz. 89 z późn. zm.) NSA twierdził, że niepubliczne zakłady są jednostkami odrębnymi w stosunku do tworzących je podmiotów (np. spółek kapitałowych). A zatem NZOZ-y utworzone przez osoby prawne, mające odrębną strukturę organizacyjną, przedmiot działania i majątek, były jako jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej odrębnymi podatnikami CIT. Mogły więc korzystać ze zwolnienia z tego podatku. Minister w interpretacji stwierdził, że organy podatkowe w toku rozpatrywania spraw powinny wziąć pod uwagę tę linię orzeczniczą.

Warto jednak zauważyć, że MF nie ustosunkował się w interpretacji do obecnego stanu prawnego, tj. obowiązującej od 1 lipca 2011 r. ustawy o działalności leczniczej (t.j. Dz.U. z 2013 r. poz. 217). A w tych przepisach nie ma już mowy o zakładach opieki zdrowotnej (niepublicznych i publicznych), ale o przedsiębiorstwach podmiotów leczniczych. I właśnie powołując się m.in. na tę zmianę – w zaprezentowanym miesiąc temu w DGP stanowisku – Ministerstwo Finansów odmówiło niepublicznym placówkom medycznym prawa do zwolnienia z podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT. Wyroki NSA w tej sprawie jeszcze się nie pojawiły.

Interpretacja ogólna z 5 listopada 2013 r., nr DD6/033/139/MNX/13/RD-106351