Podatnik, który we własnym domu lub mieszkaniu prowadzi działalność gospodarczą, zobowiązany jest do dwukrotnego uiszczenia podatku od nieruchomości, tj. zarówno jako osoba prywatna, jak i prowadząca działalność. Wniosek taki płynie z interpelacji poselskiej (nr 22929/11). Nie zgadza się z tym Ministerstwo Finansów. W odpowiedzi na interpelację podkreśliło, że wysokość stawki podatku od nieruchomości jest uzależniona od sposobu wykorzystania nieruchomości. Opodatkowaniu podlegają następujące nieruchomości lub obiekty budowlane: grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej.

Z przepisów ustawy o podatkach i opłatach lokalnych (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 95, poz. 613 z późn. zm.) wynika, że osoba, która we własnym budynku mieszkalnym lub jego części prowadzi działalność gospodarczą, zobowiązana jest do uiszczenia podatku od nieruchomości według stawek określonych w art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. b) ustawy. Natomiast części budynku mieszkalnego, które nie są faktycznie zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej, będą podlegały opodatkowaniu według niższych stawek określonych w art. 5 ust. 1 pkt 2 lit a) ustawy. Podatkowi od nieruchomości podlega powierzchnia użytkowa. Ustawa o podatkach i opłatach lokalnych zawiera maksymalne stawki podatku. Oznacza to, że dana gmina może uchwalić niższe stawki, niż wynikają z ustawy.

W zaistniałej sytuacji nie ma zatem miejsca na podwójne opodatkowanie tego samego obiektu budowlanego, gdyż każda jego część będzie objęta inną stawką podatku od nieruchomości w zależności od sposobu wykorzystania tej części budynku mieszkalnego. Dodatkowo resort finansów wskazał, że kwota uiszczonego podatku od nieruchomości od obiektów budowlanych zajętych na prowadzenie działalności gospodarczej stanowi koszt uzyskania przychodów w podatkach dochodowych.