Aby stypendium doktoranckie było zwolnione z PIT, musi być wypłacone przez odpowiednią instytucję, a zasady przyznawania stypendium muszą być zatwierdzone przez ministra.
Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy wyjaśnił, jak podatkowo rozliczać stypendia. W analizowanej sprawie podatnik otrzymał stypendium w ramach projektu „Stypendium dla doktorantów 2008/2009 – ZPORR”, Priorytet 2 – Wzmocnienie rozwoju zasobów ludzkich w regionach, Działanie 2.6 – Regionalne strategie innowacyjne i transfer wiedzy Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego. Projekt jest finansowany ze środków Europejskiego Funduszu Społecznego (75 proc.) oraz ze środków budżetu państwa (25 proc.). Wysokość stypendium to 35 550 zł dla każdego stypendysty. Stypendium zostało wypłacone jednorazowo, pomniejszone o zaliczkę na podatek dochodowy od całej kwoty stypendium (6399 zł).
Według bydgoskiej izby opodatkowanie bądź zwolnienie z opodatkowania stypendiów otrzymanych przez osoby zaangażowane w realizację programu w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego uzależnione jest od tego, z jakich środków nastąpiła ich wypłata.
Stypendium doktoranckie wypłacane w ramach Działania 2.6 Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego może korzystać ze zwolnienia od podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o PIT (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 51, poz. 307 z późn. zm.), o ile zasady jego przyznawania zostały na wniosek projektodawcy zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego.
Stosownie do treści art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o PIT wolne od podatku dochodowego są stypendia otrzymywane na podstawie przepisów o stopniach naukowych i tytule naukowym oraz o stopniach i tytule w zakresie sztuki, stypendia doktoranckie otrzymywane na podstawie przepisów – Prawo o szkolnictwie wyższym oraz inne stypendia naukowe i za wyniki w nauce, których zasady przyznawania zostały zatwierdzone przez ministra właściwego do spraw szkolnictwa wyższego po zasięgnięciu opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego albo przez ministra właściwego do spraw oświaty i wychowania.
Dla zastosowania zwolnienia od podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o PIT źródło wypłat omawianych świadczeń pozostaje bez znaczenia.
Zatem otrzymane przez podatnika stypendium mogłoby korzystać ze zwolnienia z podatku dochodowego na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 39 ustawy o PIT, o ile zostały spełnione warunki przewidziane w tym przepisie.
Interpretacja indywidualna dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 27 sierpnia 2010 r. (nr ITPB2/415-548/10/MU).