Podatnicy wynajmujący nieruchomości lokalowe ponoszą nakłady mające na celu przystosowanie lokalu do potrzeb swojej działalności (nakłady takie kwalifikowane są zazwyczaj jako inwestycja w obcym środku trwałym i podlegają amortyzacji dla celów podatkowych). Często umowy najmu są zawierane na okres krótszy niż okres podatkowej amortyzacji takiej inwestycji (wynosi 10 lat). Zdarza się również, że najemca rozwiązuje umowę najmu (np. w celu przeniesienia swojej działalności w inne miejsce). Powstaje wówczas problem, jak dla celów podatkowych zakwalifikować niezamortyzowaną część inwestycji (tj. czy może ona zostać zaliczona do kosztów podatkowych).

Czy strata ta może być kosztem dla celów podatkowych?
Do kosztów podatkowych nie zalicza się strat powstałych w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeżeli środki te utraciły przydatność gospodarczą na skutek zmiany rodzaju działalności. Jeśli likwidacja środka trwałego następuje z innej przyczyny niż zmiana rodzaju działalności, strata stanowi koszt podatkowy. Likwidację należy rozumieć szeroko jako wycofanie inwestycji, środka trwałego z ewidencji środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych. Jeśli jednocześnie likwidacja taka będzie miała związek z przychodami podatnika, strata powinna stanowić koszt. Stanowisko takie zaakceptował w jednym z ostatnich wyroków WSA w Gdańsku (sygn. akt I SA/Gd 194/09).
Czy organy podatkowe akceptują takie stanowisko?
Organy podatkowe w wydawanych interpretacjach ignorują orzecznictwo sądowe i utożsamiają pojęcie „likwidacja” z fizycznym zniszczeniem, unicestwieniem.
W praktyce, najemcy mogą rozważyć zawieranie w umowach najmu dzierżawy zastrzeżenia, że w przypadku jej rozwiązania lub po zakończeniu okresu najmu, dzierżawy kontrahent zwróci najemcy równowartość straty (lub jej część).