Raportowanie schematów podatkowych nie wydaje się związane z dokonywaniem zgłoszeń celnych oraz ubieganiem się o pozwolenia celne. Obowiązki w zakresie MDR mogą jednak dotyczyć także osób, które dokonują tych czynności.
Regulacje rozdziału 11a działu III ustawy z 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2018 r. poz. 800 ze zm.). nie wyłączają konieczności raportowania cła, wskazują jedynie, że kryterium transgranicznego nie uważa się za spełnione, gdy uzgodnienie dotyczy wyłącznie VAT, akcyzy lub ceł. Cła są na mocy tych przepisów potraktowane na równi z VAT i akcyzą. W rezultacie uzgodnienie dotyczące wyłącznie VAT, akcyzy lub cła nie spełnia kryterium transgranicznego. Niemniej jednak, jeżeli inne kryteria niż kryterium transgraniczne są spełnione, uzgodnienie może stanowić schemat krajowy – do raportowania.
Z przepisów wprowadzających obowiązkowe raportowanie schematów podatkowych nie wynika ograniczenie co do rodzajów podatków objętych tymi przepisami. Na podstawie samego brzmienia regulacji można zatem wywodzić, że cła są również objęte MDR (ang. mandatory disclosure rules).

Kontrowersyjne dobrodziejstwo objaśnień

Obowiązki w zakresie MDR są określane nie tylko przez same przepisy, lecz także przez objaśnienia wydane przez Ministerstwo Finansów. Opublikowane przed 31 stycznia 2019 r. objaśnienia podatkowe zatytułowane ,,Informacje o schematach podatkowych (MDR)” (dalej: objaśnienia) wyraźnie wskazują, że cła nie są objęte obowiązkowym raportowaniem schematów podatkowych.
Wyłączenie ceł z ram obowiązków MDR na podstawie samych objaśnień może być sporne co najmniej z następujących względów: