Poszerzony skład NSA odpowie, czy samorządy, które chcą odzyskać podatek od inwestycji przekazanych zakładom budżetowym, muszą scentralizować wszystkie swoje rozliczenia za 5 lat wstecz.
Postanowił o tym zwykły skład Naczelnego Sądu Administracyjnego.
To kolejna odsłona sporu dotyczącego rozliczania VAT przez samorządy. Najpierw wątpliwości dotyczyły tego, kto jest podatnikiem VAT – gmina czy jej jednostka budżetowa (zakład budżetowy). Po wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z 29 września 2015 r. (sygn. akt C-276/14) i uchwale NSA z 26 października 2015 r. (sygn. akt I FPS 4/15) stało się jasne, że podatnikiem jest gmina.
Teraz spór toczy się o to, czy samorządy – chcąc odzyskać podatek naliczony przy realizacji inwestycji przekazanych nieodpłatnie swoim jednostkom lub zakładom budżetowym – muszą scentralizować wszystkie swoje rozliczenia VAT i to za 5 lat wstecz. Słowem, czy muszą skorygować rozliczenia podatku wszystkich swoich jednostek, które jeszcze się nie przedawniły.
Takiego zdania jest Ministerstwo Finansów. Nie dopuszcza korekt wybiórczych za wybrane przez samorządy okresy. Takie też stanowisko zaprezentował TSUE w komunikacie wydanym tuż po wyroku.
NSA ma jednak wątpliwości, czy VAT nie powinien być zwracany bez obowiązku scalania wszystkich rozliczeń. Dlatego postanowił skierować pytanie pod uchwałę.
Chodziło o gminę, która chciała odzyskać podatek naliczony przy budowie kompleksu basenowego, przekazanego ośrodkowi sportu i rekreacji (zakładowi budżetowemu). Przed wyrokiem TSUE podatku nie mogła odliczyć ani gmina (ze względu na nieodpłatne przekazanie), ani zakład (bo to nie on poniósł wydatki na inwestycje). Po wyroku trybunału gmina skorygowała tylko te rozliczenia VAT, które dotyczyły inwestycji.
Naczelnik urzędu skarbowego i dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy uznali jednak, że gmina może otrzymać zwrot VAT pod warunkiem wstecznej centralizacji wszystkich rozliczeń.
WSA w Bydgoszczy uznał, że fiskus nie ma racji. Wyjaśnił, że wystarczy skorygować rozliczenia dotyczące danej inwestycji.
Wsteczne korekty byłyby dla samorządów poważnym problemem nie tylko ze względu na ich ilość. Samorządy musiałyby bowiem również liczyć się z tym, że – jak twierdzi MF – przyjdzie im zwrócić część unijnych dotacji. Wcześniej bowiem, zakładając, że gmina nie może odliczać VAT od wydatków finansowanych z tych dotacji, UE pokrywała również koszt podatku (jako koszt kwalifikowany).
Postanowienie NSA z 16 listopada 2017 r., sygn. akt I FSK 1237/17