Stanowisko Ministerstwa Finansów z 16 października 2017 r.
Zgodnie z art. 112b ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o VAT, w przypadku stwierdzenia u podatnika nieprawidłowości skutkujących niewłaściwym rozliczeniem podatku, naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego określa prawidłowy sposób rozliczenia oraz ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości odpowiadającej 30 proc. stwierdzonej kwoty nieprawidłowości (zaniżenia zobowiązania albo kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe).
W przypadku gdy stwierdzone nieprawidłowości wynikają z faktur, które zostały wystawione przez podmiot nieistniejący, stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane - w części dotyczącej tych czynności podają kwoty niezgodne z rzeczywistością - w części dotyczącej tych pozycji, dla których podane zostały kwoty niezgodne z rzeczywistością potwierdzają czynności, do których mają zastosowanie art. 58 i art. 83 Kodeksu cywilnego – w części dotyczącej tych czynności wysokość dodatkowego zobowiązania podatkowego w części dotyczącej podatku naliczonego wynikającego z powyższych faktur wynosi 100 proc. (art. 112c ustawy o VAT). Jednocześnie w myśl art. 112b ust. 3 pkt 2 lit. a ustawy o VAT dodatkowego zobowiązania podatkowego nie ustala się, gdy stwierdzone nieprawidłowości związane są z popełnionymi w deklaracji błędami rachunkowymi lub oczywistymi omyłkami. Powyższy przepis zatem dotyczy nieprawidłowości zaistniałych przy wypełnianiu deklaracji podatkowej.
Należy zauważyć, że w uzasadnieniu do projektu ustawy z 1 grudnia 2016 r. o zmianie ustawy o VAT oraz niektórych innych ustaw, którą ponownie wprowadzono sankcje podatkowe (od 1 stycznia 2017 r.), wskazano: „Podwyższona stawka sankcji w wysokości 100 proc. w odniesieniu do określonych, wymienionych w art. 110b (w ostatecznej wersji ustawy – art. 112c) przypadków ma już na celu penalizację ewidentnych nadużyć dokonywanych przez podatników, świadomie biorących udział w oszukańczych transakcjach (co uzasadnia określenie sankcji tej wysokości – odpowiadającej wysokości uszczuplenia wpływu do budżetu). Podkreślić należy, że podwyższone sankcje nie będą stosowane wobec podatników biorących udział w takich transakcjach nieświadomie (podmioty takie często są wykorzystywane w takich procederach), tj. podatników działających w dobrej wierze (i orzecznictwo sądów krajowych oraz TSUE w tym zakresie znajdzie pełne zastosowanie)”. Tym samym w oparciu o cały zgromadzony w trakcie postępowania materiał będzie badane, czy zawyżenie VAT naliczonego miało charakter świadomego działania w oszukańczej transakcji (co skutkować będzie zastosowaniem 100-proc. sankcji), czy też nie miało takiego charakteru (co skutkować będzie zastosowaniem 30-proc. sankcji lub – na warunkach określonych w art. 112b ust. 2 – w wysokości 20 proc.). Ocena w tym zakresie ma charakter indywidualny (nie jest to automatyzm).