Ulga na innowacyjnych pracowników ma zastosowanie od miesiąca następującego po złożeniu rocznej deklaracji w CIT. Polega na tym, że zatrudniający - jako płatnik - zatrzymuje u siebie zaliczki na PIT od wynagrodzeń innowacyjnych pracowników, które co do zasady ma obowiązek przekazać do urzędu skarbowego. Nie jest jednak jasne, o które zaliczki na PIT chodzi.

W ostatnich interpretacjach dyrektor KIS zmienił zdanie. Uznał, że płatnik zatrzymuje zaliczki na PIT, które powinien wpłacić do urzędu skarbowego w kolejnym miesiącu po złożeniu zeznania, a nie te, które dopiero w tym miesiącu pobrał. Wcześniej twierdził co innego - że płatnik ma prawo zachować dla siebie zaliczki dopiero pobrane w tym miesiącu.

To zmiana korzystna dla pracodawców, ale oznacza zarazem, że zaliczka za ostatni miesiąc (grudzień), podlegająca wpłacie w styczniu, nie może zostać objęta preferencją w poprzednim roku.

Na czym polega ulga na innowacyjnych pracowników

Przypomnijmy, że z ulgi na innowacyjnych pracowników mogą skorzystać podatnicy prowadzący działalność badawczo-rozwojową, którzy nie skorzystali w pełni z ulgi B+R z uwagi na zbyt niski dochód lub poniesioną stratę (art. 18db ustawy o CIT i art. 26eb ustawy o PIT). Płatnik zatrzymuje kwotę wynikającą z przemnożenia nieodliczonej kwoty kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R i obowiązującej go w danym roku stawki podatku (iloczyn niewykorzystanej w 2025 r. ulgi B+R i obowiązującej płatnika w 2026 r. stawki podatku).

Możliwe dwa warianty

Prawo do ulgi na innowacyjnych pracowników powstaje „począwszy od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu, w którym podatnik złożył zeznanie” roczne. O które zaliczki na PIT chodzi? Czy pobrane od wynagrodzeń wypłaconych w miesiącu złożenia rocznego zeznania? Czy może pobrane w kolejnym miesiącu, czyli od wynagrodzeń wypłaconych w miesiącu następującym po złożeniu zeznania?

Przykład

Spółka z o.o. złożyła zeznanie roczne CIT-8 za 2025 r. w styczniu 2026 r. Zgodnie z brzmieniem przepisów, jest uprawniona do korzystania z ulgi na innowacyjnych pracowników od lutego 2026 r. W styczniu 2026 r. wypłaciła innowacyjnym pracownikom wynagrodzenia za pracę za ten miesiąc, od których pobrała zaliczki na PIT. Termin ich przekazania do urzędu skarbowego upływa w lutym 2026 r.

W lutym spółka wypłaciła innowacyjnym pracownikom wynagrodzenia za pracę za luty, od których pobrała zaliczki na PIT. Termin ich przekazania do urzędu skarbowego upływa w marcu 2026 r.

Wariant I

Spółka może – tytułem ulgi – pomniejszyć zaliczki na PIT pobrane od wynagrodzeń wypłaconych w styczniu. Co do zasady ma obowiązek wpłacić te zaliczki do urzędu skarbowego w lutym 2026 r.

Skoro złożyła zeznanie roczne CIT-8 za 2025 r. w styczniu 2026 r. i z ulgi może korzystać od lutego, to już w lutym może zatrzymać (pomniejszyć o kwotę ulgi) zaliczki, które jest obowiązana w tym miesiącu (lutym) wpłacić do urzędu skarbowego.

Wariant II

Skoro spółka złożyła zeznanie roczne CIT-8 za 2025 r. w styczniu 2026 r. i z ulgi może korzystać od lutego, to może pomniejszyć zaliczki na PIT dopiero od wynagrodzeń wypłaconych w lutym. Termin przekazania tych zaliczek do urzędu skarbowego upływa w marcu 2026 r. Zatem spółka może pomniejszyć o kwotę ulgi dopiero zaliczki, które co do zasady powinna wpłacić do urzędu skarbowego w marcu.

Decyduje moment pobrania zaliczki PIT?

W wydawanych dotychczas interpretacjach dyrektor KIS za prawidłowy uznawał wariant II. Takie stanowisko wyraził m.in. w interpretacjach indywidualnych z 13 stycznia 2025 r. (0114-KDIP2-1.4010.664.2024.1.AZ), 3 marca 2025 r. (0111-KDIB1-3.4010.71.2025.1.MBD), 24 lutego 2025 (0111-KDIB1-3.4010.35.2025.2.MBD), 16 lutego 2024 r. (0111-KDIB1-3.4010.668.2023.2.AN), 26 stycznia 2024 (0111-KDIB1-3.4010.653.2023.1.MBD).

Stwierdził w nich, że istotne jest to, kiedy pobrano zaliczki PIT, a nie okres, za który zostały pobrane, czy też termin, z upływem którego podatnik jest obowiązany do odprowadzenia ich do urzędu skarbowego. A zaliczki na PIT pobiera się w miesiącu, w którym następuje wypłata wynagrodzenia osobom zatrudnionym.

Fiskus zmienił zdanie. Z ulgi można skorzystać wcześniej

W ostatnim czasie jednak pojawiły się interpretacje, w których dyrektor KIS uznał za prawidłowy wariant I. Takie stanowisko wyraził w interpretacjach z 5 stycznia 2026 r. (0111-KDIB1-3.4010.607.2025.2.MBD) i 30 października 2025 r. (0114-KDIP2-1.4010.506.2025.1.MR1 oraz 0114-KDIP2-1.4010.507.2025.1.MR1). Zauważył w nich, że art. 18db ustawy o CIT nie odwołuje się w swoim brzmieniu bezpośrednio do takich kategorii jak „miesiąc, za który wynagrodzenie pracownika jest należne", czy „miesiąc, za który pobrano zaliczkę na podatek od pracownika”.

Dlatego – jak stwierdził - prawo do ulgi na innowacyjnych pracowników przysługuje w odniesieniu do zaliczek na PIT począwszy od miesiąca następującego po miesiącu, w którym podatnik złożył zeznanie roczne, tj. w stosunku do zaliczek na PIT podlegających wpłacie do urzędu skarbowego począwszy od miesiąca następującego bezpośrednio po miesiącu złożenia zeznania CIT.

Kij ma dwa końce

Stanowisko dyrektora KIS przedstawione w ostatnich interpretacjach pozostaje w opozycji do dotychczasowej praktyki. To oznacza, że podatnicy mogą wcześniej korzystać z preferencji.

Jednocześnie skróceniu ulega okres, do kiedy będą mogli sięgnąć po tę preferencję. Prawo do niej przysługuje bowiem do końca roku podatkowego, w którym zostało złożone zeznanie roczne. Zaliczka pobrana w ostatnim miesiącu roku podatkowego (grudniu) jest wpłacana do urzędu skarbowego już w kolejnym roku (w styczniu).

Skoro – jak wynika z najnowszych interpretacji dyrektora KIS - płatnik ma prawo zatrzymać zaliczki na PIT (od wynagrodzenia innowacyjnych pracowników) wpłacane do urzędu skarbowego do końca roku podatkowego, to zaliczka za ostatni miesiąc, podlegająca wpłacie już w kolejnym roku, nie może zostać objęta preferencją.