Brak spełnienia wszystkich warunków wskazanych w przepisach wyklucza skorzystanie z preferencji podatkowych. W przypadku powzięcia wątpliwości co do zasadności zastosowania ulgi urząd skarbowy ma możliwość podjęcia czynności sprawdzających lub kontroli w tym zakresie.

– Działania organu mogą się zakończyć wszczęciem postępowania podatkowego i wydaniem decyzji określającej prawidłową wysokość podatku, bez uwzględnienia kwoty ulgi – mówi Maciej Grela, doradca podatkowy w kancelarii Gide Loyrette Nouel.

Konsekwencją nieuprawnionego zastosowania ulgi może być zaniżenie kwoty zobowiązania podatkowego i powstanie zaległości podatkowej. W rezultacie podatnik będzie zmuszony do dopłaty podatku lub oddania otrzymanego zwrotu podatku wraz z odsetkami. Ponadto w pewnych przypadkach nieuprawnione i umyślne skorzystanie z ulgi powoduje konsekwencje karne skarbowe za deklarowanie nieprawdziwych danych.

Maciej Grela zwraca uwagę, że na wszystkich wskazanych etapach postępowania dotyczącego zasadności zastosowania ulgi, podatnik ma prawo do obrony swojego stanowiska wszelkimi legalnymi środkami dowodowymi. Niekorzystna decyzja może natomiast zostać zaskarżona do organu wyższej instancji.