Problem jest szczególnie dotkliwy w większych miastach, które mają setki, a nawet – jak Warszawa – ponad tysiąc podrzędnych jednostek organizacyjnych. Każda z nich kupuje towary lub usługi i spodziewa się otrzymania faktury, która udokumentuje transakcję. Ale faktury są wystawiane w Krajowym Systemie e-Faktur bezpośrednio na gminy, które muszą je potem rozdzielać.

Wszystko dlatego, że sprzedawcy nie wypełniają jednego pola na fakturze w KSeF, bo jest ono nieobowiązkowe. A jeśli je wypełniają, to błędnie. Nie podają NIP właściwego odbiorcy faktury (np. szkoły), tylko gminy. W konsekwencji pracownicy gminnych urzędów muszą teraz przyporządkować fakturę do jej odbiorcy (np. szkoły), by ten mógł za nią zapłacić i zaksięgować ją u siebie.

Pobierają i rozdzielają

W małych gminach zajmują się tym skarbnicy, w większych wydzielane są w tym celu specjalne zespoły pracowników. Niektóre urzędy mają łatwiej, bo kupiły wcześniej systemy informatyczne, które automatycznie rozdzielają faktury, by te mogły zostać właściwie zaksięgowane. – Z ok. 13 tys. faktur odebranych przez miasto od 1 lutego 2026 r. ponad połowa została wystawiona w sposób utrudniający bądź uniemożliwiający prawidłową identyfikację jednostek będących bezpośrednimi nabywcami – informuje w odpowiedzi na pytanie DGP Marzanna Krajewska, skarbnik Warszawy.

W Poznaniu problem z identyfikacją odbiorcy dotyczy prawie co czwartej odebranej przez miasto faktury. Pomaga specjalny system księgowy, ale nawet to nie rozwiązało do końca problemu. W Lublinie w pierwszych dniach obowiązywania KSeF wystawcy prawidłowo oznaczyli nie więcej niż 30 proc. faktur. Reszta wymagała interwencji systemu informatycznego lub ręcznego wyszukiwania odbiorcy przez pracowników. Takie same trudności ma Kraków, który ma 369 jednostek organizacyjnych.

Problem nie dotyczy wyłącznie największych samorządów; doświadczają go również małe miejscowości. To ogromne wyzwanie i niepotrzebne obciążenie – alarmują samorządowcy. Obawiają się, że problem nasili się w kwietniu, gdy obowiązkowy KSeF obejmie większość polskich przedsiębiorców.

Co dalej?

Ministerstwo Finansów zaleca, aby firmy wystawiające faktury na rzecz samorządowych jednostek podległych wypełniały pole „Podmiot3”, gdzie można określić właściwego odbiorcę faktury. Resort finansów nie mógł tego nakazać, bo – jak tłumaczy Zbigniew Stawicki, zastępca szefa Krajowej Administracji Skarbowej – byłoby to sprzeczne z art. 226 unijnej dyrektywy VAT. W odpowiedzi na jedną z poselskich interpelacji, wiceminister poinformował, że problemu nie będzie, jeśli faktura na rzecz samorządu zostanie wystawiona w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0 (bezpłatne narzędzie udostępnione przez MF). Problem polega na tym, że największe podmioty, które od 1 lutego muszą wystawiać faktury w KSeF, nie korzystają co do zasady z Aplikacji Podatnika, bo mają swoje systemy.