rozwiń ›

Potwierdziła się największa obawa samorządów związana z wdrożeniem obowiązkowego Krajowego Systemu e-Faktur. Dopóki go nie było, dopóty centralizacja VAT nie była problemem. Zakłady i jednostki budżetowe dostawały faktury, opłacały i księgowały u siebie.

KSeF spowodował, że wszystkie faktury wpływają do gminy (bo zawierają jej NIP), a pracownicy samorządu muszą ręcznie lub za pomocą systemów informatycznych ustalać, kto jest właściwym adresatem dokumentu, aby to on mógł zapłacić za kupiony towar lub usługę i zaksięgować w ramach swoich rozliczeń. Takie działania wymuszają przepisy o dyscyplinie finansów publicznych.

Przedstawiciele dużych polskich miast alarmują, że odkąd zaczęli dostawać faktury wystawione w KSeF, mierzą się z ogromnym wyzwaniem i niepotrzebnym – ich zdaniem – obciążeniem. Z kolei jednostki organizacyjne, do których powinny trafiać faktury, nie wiedzą o nich, dopóki gmina ich o tym powiadomi.

Część samorządów, spodziewając się problemów, już wcześniej kupiła dostęp do systemów informatycznych, które automatycznie przyporządkowują „zagubione faktury” do adresatów (np. system ERP, ang. Enterprise Resource Planning). Jeśli to nie pomoże, konieczna jest ręczna weryfikacja treści dokumentu przez pracownika urzędu. W małych miejscowościach zajmują się tym skarbnicy gminy, w dużych – nawet specjalnie wydzielone zespoły. Ustalają, do kogo tak naprawdę powinna trafić faktura dokumentująca dany zakup.

Samorządy obawiają się, że problem może się nasilić, gdy od 1 kwietnia 2026 r., obowiązek wystawiania faktur przy użyciu KSeF obejmie większość polskich firm.

Skąd ten problem?

Przyczyną jest to, że na wielu odbieranych przez samorządy fakturach nie jest wypełnione pole Podmiot3, a jeśli jest, to błędnie. Dlaczego wystawcy go nie wypełniają? Bo – po pierwsze – nie mają takiego obowiązku. Po drugie, problem dotyczy faktur wystawianych przez największe podmioty (ich KSeF objął w pierwszej kolejności), a tu nikt dokumentów nie wypełnia ręcznie, robią to systemy informatyczne, które w wielu przypadkach nie zostały zaprogramowane do wypełniania pola Podmiot3. Miasta i gminy, które się z tym mierzą, uważają, że pole Podmiot3 powinno być wypełniane obowiązkowo. Urząd Miasta Stołecznego Warszawy zaapelował już do Ministerstwa Finansów o nałożenie takiego obowiązku.

Samorządowe śledztwa fakturowe

Skalę problemu zobrazował Marcin Skwarzyński, główny analityk systemów teleinformatycznych w wydziale informatyki i telekomunikacji Urzędu Miasta Lublina. Na jednym z portali społecznościowych napisał, że w ciągu 11 dni funkcjonowania obowiązkowego KSeF Lublin pobrał z systemu ok. 1700 faktur. Dotyczyły one 183 jednostek organizacyjnych miasta. Spośród tych faktur 483 miały wypełnione pole Podmiot3, a więc nie było problemu z ustaleniem odbiorcy. Kolejne 868 faktur przyporządkowano na podstawie dodatkowych danych, np. numeru konta wskazanego na fakturze, dzięki posiadanemu przez miasto zintegrowanemu oprogramowaniu ERP, które pomaga w porządkowaniu faktur. Następne 349 faktur musieli już przypisać do właściwego odbiorcy pracownicy urzędu. W tym celu trzeba było wydzielić w urzędzie specjalny zespół.– Jak widać, przynajmniej na początku, spełniły się wszystkie obawy samorządów, że trudno będzie zidentyfikować faktycznych odbiorców faktur wystawionych w KSeF – komentuje Marcin Skwarzyński.

Jak jest w Warszawie…

Z tym samym problemem mierzą się Kraków i Poznań, ale najbardziej odczuwa go Warszawa. – Z około 13 tys. faktur odebranych przez miasto od 1 lutego 2026 r. ponad połowa została wystawiona w sposób utrudniający bądź uniemożliwiający prawidłową identyfikację jednostek będących bezpośrednimi nabywcami – informuje w odpowiedzi na pytanie DGP Marzanna Krajewska, skarbnik Warszawy.Stolica ma 980 jednostek organizacyjnych, 18 jednostek pomocniczych – dzielnic i ponad 40 komórek organizacyjnych urzędu miasta. Na części otrzymanych przez miasto faktur nie było wypełnionego pola Podmiot3. Tam, gdzie było ono wypełnione, była podana nazwa właściwego odbiorcy, ale bez podania jego NIP lub identyfikatora wewnętrznego. – W związku z tym pracownicy urzędu codziennie zajmują się ustalaniem właściwych odbiorców faktur, najczęściej przez telefon – wyjaśnia Marzanna Krajewska. Dodaje, że wystawcy odmawiają wypełniania pola Podmiot3, wskazując, że nie mają takiego prawnego obowiązku.

… jak w Krakowie…

Trudności potwierdza Małgorzata Tabaszewska z biura prasowego Urzędu Miasta Krakowa. Podkreśla, że czasochłonny i pracochłonny okazał się już sam proces nadawania uprawnień w KSeF administratorom poszczególnych 369 miejskich jednostek organizacyjnych. Potem doszedł do tego jeszcze brak wypełnionego pola Podmiot3 na części z odbieranych faktur.

– Kontrahenci nie tylko nie podają NIP odbiorcy (czyli jednostki organizacyjnej), ale też nie podają jej nazwy, co przy tak dużej liczbie jednostek organizacyjnych, jakie ma Kraków, sprawia, że znalezienie właściwego odbiorcy stanowi spore wyzwanie, a zarazem niepotrzebne obciążenie – wskazuje Małgorzata Tabaszewska w odpowiedzi na pytanie DGP.

… a jak w Poznaniu

W Poznaniu szacują, że w odniesieniu do ok. jednej czwartej spośród 3 tys. faktur odebranych w KSeF urząd miasta musi podejmować dodatkowe czynności, by zidentyfikować odbiorcę. Poznań przygotował się na taką sytuację i – jak informuje Ewa Błażejewska, dyrektorka wydziału finansowego UMP – wdrożył oprogramowanie, które automatycznie rozdziela faktury według określonych reguł, pomimo braku wskazania Podmiotu3.

Wymaga to jednak – jak mówi – stałego wsparcia pracowników urzędu miasta. A mimo to nadal dla ok. 1 proc. faktur trudno zidentyfikować odbiorcę, bo brak jest wystarczających danych.

Faktyczni odbiorcy nie widzą faktur

Problem mają też zakłady i jednostki budżetowe, bo choć są faktycznymi nabywcami towarów i usług, to nie widzą faktur zakupowych w KSeF. Chcąc mieć dostęp do KSeF, muszą podać swój NIP, którym posługują się jako pracodawcy (dla celów rozliczania PIT i składek do ZUS od wynagrodzeń zatrudnianych osób). Jeśli więc podadzą własny NIP, to nie zobaczą faktur wystawionych na NIP gminy.

Co na to MF

W Podręczniku KSeF 2.0 Ministerstwo Finansów zaleca, żeby wypełniać pole Podmiot3. Wyjaśnia, że w polu Podmiot2, w którym podaje się nabywcę (wypełnienie tego pola jest obowiązkowe), należy wskazać „1”, a nie „2”. To oznacza, że adresatem faktury jest samorządowa jednostka podrzędna, a nie gmina.

Wtedy też wystawca faktury powinien wypełnić wspomniane pole Podmiot3 (choć to nie jest obowiązek). W polu tym powinien podać nazwę, NIP lub identyfikator wewnętrzny danej jednostki. Jeśli wystawca nie postąpi zgodnie z zaleceniami MF, to faktura trafia do gminy, a ta musi ustalać, kto jest faktycznym adresatem.

Dyrektywa nie pozwala

Na problemy, jakie może rodzić brak obowiązku wypełnienia pola Podmiot3, wskazywał jeszcze przed wejściem w życie obowiązkowego KSeF poseł Janusz Kowalski w interpelacji nr 14259. W odpowiedzi z 12 stycznia 2026 r. Zbigniew Stawicki, zastępca szefa Krajowej Administracji Skarbowej, bronił decyzji MF o nieobowiązkowym wypełnianiu tego pola. Miał to być – jak tłumaczył – kompromis między prawem unijnym a oczekiwaniami samorządów.

Wyjaśnił, że „wprowadzenie prawnego obowiązku wypełnienia sekcji Podmiot3 jest niemożliwe z uwagi na ograniczenia co do zakresu wymaganych danych na fakturze na podstawie dyrektywy unijnej VAT”. Chodzi o katalog danych wymaganych na fakturze, wskazany w art. 226 dyrektywy.

Zbigniew Stawicki poinformował natomiast, że problemu nie będzie, jeśli faktura na rzecz samorządu zostanie wystawiona w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0 (bezpłatne narzędzie udostępnione przez MF). Wyjaśnił, że jeśli wystawca zaznaczy opcję „Tak” w pytaniu „Czy faktura dotyczy jednostki samorządu terytorialnego”, to aplikacja wymaga wskazania danych jednostki podrzędnej JST w Podmiot3.

Szkopuł w tym, że największe podmioty, które od 1 lutego 2026 r. muszą wystawiać faktury w KSeF, nie korzystają co do zasady z Aplikacji Podatnika. Mają swoje systemy.

Potrzebna korekta do zera

Do wypełniania pola Podmiot3 nie zachęca też interpretacja indywidualna wydana 11 lutego 2026 r. przez dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.1091.2025.1.JM). Wystąpiła o nią gmina, przewidując, że sama wystawi fakturę w KSeF na rzecz innej jednostki samorządu terytorialnego. Spytała, co w sytuacji, jeżeli w polu Podmiot3 błędnie poda nazwę lub NIP jednostki podrzędnej drugiemu samorządowi albo w ogóle ich nie wskaże.

Liczyła się z tym, że będzie musiała skorygować taką fakturę, ale jak tego dokonać? Sądziła, że wystarczy odpowiednia zmiana albo uzupełnienie NIP właściwego odbiorcy faktury i nie trzeba będzie odrębnie wykazywać faktury korygującej w ewidencji VAT.

Dyrektor KIS się z tym nie zgodził. Wyjaśnił, że w opisanej sytuacji gmina musi skorygować fakturę „do zera” i wystawić nową. – Nieprawidłowym sposobem korekty tych danych byłoby skorygowanie takiej faktury „do zera” i wystawienie nowej z poprawnymi danymi właściwego odbiorcy „z uwagi na uwarunkowania systemowe” – wytłumaczył organ.

Dodał, że fakturę korygującą trzeba będzie wykazać w tym samym rozliczeniu (w JPK_VAT) składanym za miesiąc, w którym powstał obowiązek podatkowy (a więc w tym, w którym zostały wykazane faktury pierwotne).

Współpraca: Katarzyna Jędrzejewska