Prewspółczynnik VAT w praktyce: kiedy samorząd wygra z fiskusem? Przegląd wyroków z 2025 r.

Przykładowo każda gmina jest zobowiązana do budowy i utrzymania dróg na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 2 ustawy o samorządzie gminnym. Gminy chcące odliczyć VAT uciekają się do różnych argumentów, ale sądów nie przekonują ani tłumaczenia, że droga jest jedynym sposobem dotarcia do oczyszczalni ścieków, która służy działalności opodatkowanej (wyrok NSA z 7 października 2025 r., sygn. akt I FSK 1546/22), ani wyjaśnienia, że będą po niej jeździć pojazdy miejskiego transportu publicznego, w których pasażerowie podróżują z biletami opodatkowanymi VAT (wyrok NSA z 28 sierpnia 2025 r., sygn. akt I FSK 1015/22).

Prewspółczynnik wchodzi w grę dopiero, kiedy samorządowi przysługuje prawo do odliczenia VAT naliczonego. Zasadniczo gmina może odliczyć podatek, jeżeli ponosi wydatki „mieszane”, czyli takie, które służą zarówno czynnościom opodatkowanym, jak i nieobjętym VAT. Jeśli nie jest w stanie bezpośrednio ich przyporządkować, musi ustalić proporcję.

Jak wynika z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Z kolei zgodnie z art. 86 ust. 2b ustawy o VAT dzieje się tak, jeżeli sposób ten:

• zapewnia obniżenie kwoty podatku wyłącznie w odniesieniu do tej jego części, która proporcjonalnie przypada na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane, oraz
• obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza.

Proporcja a prewspółczynnik VAT

Przypomnijmy, że czym innym jest prewspółczynnik (o którym mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT), a czym innym proporcja sprzedaży (o której mowa w art. 90 tej ustawy).

Prewspółczynnik pozwala oszacować, w jakiej części podatek naliczony wiąże się z działalnością gospodarczą, a w jakiej z czynnościami spoza VAT. Dlatego trzeba wybrać taką metodę, która najbardziej odpowiada specyfice działalności podatnika i dokonywanych przez niego nabyć.

Natomiast ustalanie proporcji sprzedaży dotyczy wyłącznie czynności podlegających VAT, tyle że część z nich jest faktycznie opodatkowana, a część zwolniona z podatku (lecz również objęta przepisami o nim).

Własna metoda określenia prewspółczynnika jest możliwa

Prawodawca wskazał przykładowe sposoby określenia prewspółczynnika, które odnoszą się m.in. do:

• udziału liczby godzin przeznaczonych na cele związane z działalnością gospodarczą w ogólnej liczbie godzin,
• rocznego obrotu z działalności gospodarczej w całym rocznym obrocie,
• powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej w ogólnej powierzchni danego obiektu.

Zgodnie z art. 86 ust. 22 ustawy o VAT minister finansów może, w drodze rozporządzenia, określić w przypadku niektórych podatników właściwy sposób obliczenia prewspółczynnika. W odniesieniu do jednostek samorządu terytorialnego, urzędów je obsługujących oraz ich jednostek i zakładów budżetowych obowiązuje rozporządzenie ministra finansów z 17 grudnia 2015 r. Z jego par. 3 wynika, że przy określaniu prewspółczynnika należy wziąć pod uwagę roczny obrót z działalności gospodarczej. Uwzględnia się przy tym m.in. dotacje i subwencje przyznawane samorządom, co znacząco obniża kwotę odliczenia. Równocześnie art. 86 ust. 2h ustawy o VAT wskazuje, że podatnik może zastosować własną metodę obliczeń.

Argumentacja jest kluczowa

Nie oznacza to jednak, że JST ma pełną dowolność w wyborze sposobu obliczenia prewspółczynnika. Liczne orzeczenia sądów administracyjnych wskazują, że konieczne jest właściwe uzasadnienie stosowania określonej metody obliczenia prewspółczynnika. Z wyroku NSA z 28 października 2025 r. (sygn. akt I FSK 1696/22) wprost wynika, że jeśli samorząd nie udowodni odpowiednio, dlaczego powinien stosować własną metodę, to musi obliczać prewspółczynnik VAT zgodnie z rozporządzeniem ministra finansów. Sąd kasacyjny rozpoznając sprawę gminy, która chciała odliczyć VAT od wydatków na remont budynku biurowo-usługowego, podkreślił, że zasadą jest stosowanie sposobu obliczeń określonego w rozporządzeniu, a własny prewspółczynnik to wyjątek, którego wykorzystanie trzeba właściwie uzasadnić.

Dobrym przykładem, jak wiele zależy od przekonującego uargumentowania zastosowania własnej metody, są dwie sprawy dotyczące samorządowych instytucji kultury. Chodziło konkretnie o muzeum etnograficzne oraz gminny ośrodek kultury (GOK). W obydwu przypadkach instytucja chciała obliczać prewspółczynnik, stosując metodę powierzchniową. I w obydwu – dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej był zdania, że bardziej adekwatny jest sposób obliczeń z rozporządzenia.

W sprawie dotyczącej muzeum NSA nie miał wątpliwości, że nie udowodniło ono, by metoda powierzchniowa charakteryzowała się większą reprezentatywnością niż ta, która została wskazana w rozporządzeniu (wyrok z 28 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 263/22). Stwierdził, że podział powierzchni przez muzeum był zbyt uproszczony i niedokładny. Muzeum nie przedstawiło też konkretnych wyliczeń.

Inaczej zakończyła się sprawa GOK. We wniosku o interpretację indywidualną gmina precyzyjnie wskazała, że całkowita powierzchnia budynku wynosi 145 mkw., z czego 100 mkw. służy do realizacji zadań własnych gminy, a pozostałe 45 mkw. przeznaczono na wynajem. Powierzchnia wynajmowanych pomieszczeń stanowi zatem ponad 31 proc. miejsca w budynku GOK, a prewspółczynnik wyliczony zgodnie z metodą z rozporządzenia wyniósł zaledwie 3 proc. Sąd kasacyjny dał się przekonać dokładnym wyliczeniom i orzekł, że metoda powierzchniowa jest w tym przypadku jak najbardziej adekwatna (wyrok NSA z 26 lutego 2025 r., sygn. akt I FSK 2385/21).

Nie musi być co do grosza

Sposób obliczania prewspółczynnika musi obiektywnie odzwierciedlać część wydatków odpowiadającą działalności gospodarczej, a przy tym być najbardziej reprezentatywny dla specyfiki konkretnej działalności. Nie musi być jednak perfekcyjnie dokładny. Proporcję określa się bowiem procentowo w stosunku rocznym. Zaokrągla się ją w górę do najbliższej liczby całkowitej, jak wskazuje art. 86 ust. 2g ustawy o VAT.

Tak też wynika z wyroku NSA z 5 czerwca 2025 r. (sygn. akt I FSK 622/22). Sprawa dotyczyła gminy, która dostarcza wodę do mieszkańców i przedsiębiorców działających na jej terenie, a także odbiera i oczyszcza ścieki. Ponoszone przez nią wydatki na dostarczanie wody i odprowadzanie ścieków służą zarówno działalności opodatkowanej (sprzedaży na rzecz podmiotów trzecich), jak i niepodlegającej opodatkowaniu (na potrzeby własne gminy). Z tego względu, aby odliczyć VAT, gmina musi obliczać prewspółczynnik. Zaprezentowała więc własną metodę obliczeń, która opierała się na udziale przychodów uzyskanych od podmiotów trzecich w całkowitych przychodach z działalności wodno-kanalizacyjnej, obejmujących także usługi na potrzeby własne gminy.

Dyrektor KIS zakwestionował metodę obliczeń gminy, bo – jak twierdził – nie jest ona wystarczająco precyzyjna. Woda zużywana na cele przeciwpożarowe powinna być traktowana jako związana z działalnością nieopodatkowaną, a skoro gmina nie mierzy zużycia wody z hydrantów, to jej metoda nie opiera się na dokładnych danych – argumentował organ.

Gmina wygrała w sądach. NSA podkreślił, że ustawodawca nie wymaga od podatnika stosującego daną metodę perfekcyjnej dokładności, tylko najlepszego możliwego odzwierciedlenia rzeczywistości. W odniesieniu do zużycia wody na cele przeciwpożarowe sąd kasacyjny zwrócił uwagę, że są to czynności o marginalnym znaczeniu, które nie wpływają znacząco na wynik obliczeń.

Rozmowa

Wybrana metoda musi być najbardziej adekwatna dla danej jednostki

Marek Przybylski, doradca podatkowy, radca prawny, menedżer w MDDP

Marek Przybylski: Część samorządów skupia się na tym, aby jak najwięcej zyskać finansowo. Przez to zaniedbuje etap dokładnej analizy, jaka metoda kalkulacji będzie najlepsza.

Czym powinien kierować się samorząd, który planuje zastosować własny prewspółczynnik VAT?

Przede wszystkim trzeba wykazać, że własna metoda obliczeń jest najbardziej adekwatna w danej sytuacji. Jednak dyrektor KIS, rozpatrując wnioski o interpretacje, nakazuje nie tylko udowodnić, dlaczego jednostka samorządu terytorialnego chce stosować daną metodę, lecz także dlaczego inne będą mniej adekwatne. I tu pojawiają się problemy.

Z czego wynikają?

Choć wydaje się oczywiste, że to podatnik ma najwięcej danych o swojej działalności, dzięki czemu może obliczyć bardzo dokładny prewspółczynnik, to w praktyce skorzystanie przez jednostkę samorządu terytorialnego z indywidualnego prewspółczynnika nie jest łatwe.

Jeszcze niedawno wiele samorządów akceptowało prewspółczynniki wynikające z rozporządzenia, choć nie były dla nich korzystne. Pamiętam też – na szczęście dość odległe czasy – gdy w interpretacjach indywidualnych dyrektor KIS próbował kwestionować praktycznie każdą metodę inną niż wskazane w rozporządzeniu.

Jakie błędy przy wyborze prewspółczynnika pojawiają się najczęściej?

Część samorządów kieruje się tym, aby jak najwięcej zyskać finansowo na zastosowaniu prewspółczynnika. Przez to zaniedbuje etap dokładnej analizy, jaka metoda kalkulacji będzie najlepsza dla danej jednostki organizacyjnej czy instytucji kultury. Często też skarbnicy nie wiedzą, że dla każdej jednostki można stosować inny prewspółczynnik. A to kluczowa kwestia.

Dopiero przygotowanie symulacji zastosowania różnych metod obliczenia prewspółczynnika i ustalenie, która z nich pozwala na odliczenie największych kwot podatku naliczonego przy możliwie najmniejszych nakładach pracy na gromadzenie danych, daje pełny obraz skutków zastosowania prewspółczynnika.

Jak przekonać organy podatkowe do własnej metody obliczeń?

Podstawą jest jej właściwe opisanie. Brzmi banalnie, ale w praktyce bywa trudne. Trzeba w możliwie przejrzysty sposób, z unikaniem zbytniej szczegółowości, przedstawić, dlaczego metoda z rozporządzenia nie oddaje faktycznego sposobu wykorzystania zasobów do działalności podlegającej VAT i zadań publicznych.

Jakieś inne wskazówki?

Warto pokazać, że własna metoda opiera się na konkretnych, mierzalnych danych. Nie można też przygotować uzasadnienia wskazującego, że wybrana metoda jest najlepsza, ponieważ daje największą kwotę VAT do odliczenia. To może się wydawać oczywiste, a wcale takie nie jest.

Czy któraś metoda jest najbezpieczniejsza dla określonych obiektów?

Można już chyba mówić o najczęściej akceptowanych przez sądy metodach dotyczących pewnych grup obiektów. Dla działalności wodno-kanalizacyjnej akceptowana jest proporcja obliczona w oparciu o ilość zużytej wody wynikającej z liczników dla celów działalności opodatkowanej w ogólnej liczbie m sześc. wody zużytej na cele opodatkowane i nieopodatkowane. Dla obiektów sportowych i kulturalnych bezpieczna metoda opiera się na wskaźniku czasowym lub na proporcji liczby wejść opodatkowanych VAT w ich ogólnej liczbie. Oczywiście wszystko zależy od tego, w jaki sposób jest wykorzystywany dany obiekt.

Jak zwiększyć szanse na obronę własnej metody obliczeń przed fiskusem i przed sądem?

Najpewniejszą drogą jest uzyskanie interpretacji indywidualnej, która potwierdzi prawidłowość wybranej metody. We wniosku należy przedstawić skrócony opis uzasadnienia tej metody. Aby przygotować taki opis, trzeba dokładnie przeprowadzić wspomniane analizy możliwych sposobów obliczeń.

Warto też na bieżąco śledzić orzecznictwo. Co jakiś czas kolejna metoda kalkulacji zaczyna być dopuszczana przez organy podatkowe, po tym jak najbardziej zdeterminowane samorządy wygrywają przed NSA.

Rozmawiała Izabela Tomaszewska-Gałuszka

Zestawienie wyroków NSA dotyczących prewspółczynnika VAT w 2025 r.