Informację na ten temat przekazał Zbigniew Stawicki, zastępca szefa Krajowej Administracji Skarbowej, w odpowiedzi z 28 listopada 2025 roku na interpelację poselską nr 13398.

- Mamy do czynienia z niebezpiecznym precedensem, gdy urzędy skarbowe zaczynają stosować przepisy, których jeszcze nie ma – mówi Natalia Kamińska-Kubiak, doradczyni podatkowa, menedżerka w Grant Thornton. Jej zdaniem pismo z 6 listopada 2025 roku to de facto przyznanie się Ministerstwa Finansów do tego, że regulacje o ryczałcie estońskim są wadliwe, a organy próbują je „łatać” tylnymi drzwiami, opierając się na projekcie ustawy, a nie na obowiązującym prawie.

Estoński CIT. Obowiązek sporządzenia sprawozdania

Problem dotyczy głównie tych podatników, którzy przeszli na estoński CIT w trakcie roku obrotowego. Przypomnijmy, że zgodnie z art. 28j ust. 5 ustawy o CIT spółka może to zrobić, jeżeli: „na ostatni dzień miesiąca poprzedzającego pierwszy miesiąc opodatkowania ryczałtem zamknie księgi rachunkowe oraz sporządzi sprawozdanie finansowe zgodnie z przepisami o rachunkowości”. Takie sprawozdanie musi być sporządzone w ciągu trzech miesięcy i w tym samym czasie podpisane przez głównego księgowego oraz zarząd.

Problem w tym, że spółki nie dopełniały prawidłowo tych obowiązków – na wielu sprawozdaniach zabrakło podpisu zarządu. Natomiast fiskus stoi na stanowisku, że w takiej sytuacji zmiana sposobu opodatkowania nie była skuteczna. W rezultacie trzeba zapłacić podatek dochodowy na ogólnych zasadach (klasyczny CIT) i to wstecz, a więc wraz z odsetkami za zwłokę.

Jak wynika z odpowiedzi na interpelację, organy podatkowe ustaliły, że przed przejściem na estoński CIT nie wypełniło prawidłowo obowiązków sprawozdawczych ok. 100 spółek.

Abolicja podatkowa

MF postanowiło rozwiązać problem i w projekcie nowelizacji ustawy o PIT i CIT oraz niektórych innych ustaw (nr UD116) opublikowanym we wrześniu 2025 roku zaproponowało abolicję podatkową. Zakłada ona, że spółki, w których księgi rachunkowe zostały zamknięte nie później niż do 31 sierpnia 2025 roku, skutecznie wybrały opodatkowanie ryczałtem, jeżeli sprawozdanie zostało sporządzone w ciągu trzech miesięcy od dnia bilansowego i podpisane przez głównego księgowego.

Zmiany miały być uchwalone jeszcze w 2025 roku, ale tak się nie stało. Chociaż MF zapewnia, że nie zrezygnowało z planów wprowadzenia abolicji (pisaliśmy o tym tutaj), to przepisy nadal nie trafiły do Sejmu. A w środę 10 grudnia 2025 roku odbędzie się dopiero konferencja uzgodnieniowa w tej sprawie (patrz: opinia obok).

Pismo do organów

Okazuje się jednak, że organy już mają stosować abolicję. W odpowiedzi na interpelację poselską Zbigniew Stawicki poinformował, że 6 listopada 2025 roku do izb administracji skarbowych zostało skierowane pismo informujące o procedowanym projekcie (UD 116), który przewiduje m.in. wprowadzenie abolicji.

„Projekt ustawy jest obecnie przedmiotem uzgodnień, konsultacji publicznych oraz opiniowania i nie jest możliwe określenie jego ostatecznego kształtu. Niemniej jednak zwrócono się do podległych jednostek z prośbą o uwzględnienie projektowanych zmian w toku planowanych czynności z uwagi na potencjalne skutki, które mogą wynikać z projektowanych regulacji” – czytamy w odpowiedzi na interpelację.

Abolicja podatkowa dla spółek na estońskim CIT już stosowana

- Z mojej praktyki wynika, że organy już stosują abolicję, choć formalnie nie została wprowadzona. Co więcej, stosują ją wybiórczo - mówi Natalia Kamińska-Kubiak. Jak twierdzi, urzędy dostały nieformalnie zielone światło, by przymykać oko na niektóre braki w podpisach pod sprawozdaniami w formie XML, gdy zostały one w prawidłowym terminie podpisane przez osobę je sporządzającą (bo to obejmie planowana abolicja).

- Ale jednocześnie bezlitośnie „wyrzucają” z ryczałtu firmy za inne uchybienia formalne – techniczne, np. opóźnienie w wygenerowaniu pliku XML czy też przedstawienie sprawozdania w formie PDF, nawet jeśli dane finansowe pozostają rzetelne. A to one są kluczowe, a nie forma ich dostarczenia – wyjaśnia ekspertka.

Kuriozalne sytuacje dla spółek na estońskim CIT

Jak podkreśla Natalia Kamińska-Kubiak, tworzy to kuriozalną sytuację podziału podatników na „lepszych” (którzy podlegają abolicji według aktualnego projektu ustawy) i „gorszych” (którzy popełnili inny błąd, który nie kwalifikuje się do abolicji według projektu).

- Może też wystąpić dalej idąca patologia, gdy organ uzna, że podatnik nieskutecznie wybrał estoński CIT, a według ostatecznie przyjętego przepisu jednak zostanie „uniewinniony” – mówi ekspertka. Dodaje, że abolicja proponowana w obecnym kształcie to droga do sporów sądowych, bo prawo nie może różnicować wagi błędów formalnych w tak uznaniowy sposób.

- Dopóki ustawa nie zostanie uchwalona w ostatecznym kształcie, działamy w warunkach dużej niepewności, co stoi w sprzeczności z samą ideą estońskiego CIT, który miał być prosty i bezpieczny dla przedsiębiorców - podkreśla Natalia Kamińska-Kubiak. Ekspertka ma też nadzieję, że ostateczny kształt przepisów nie będzie dzielił błędów na te „dopuszczalne” (objęte przyszłą abolicją) i „niedopuszczalne”, gdyż prawo powinno być równe wobec wszystkich podatników.

Zmiany trzeba uchwalić jak najszybciej

Agnieszka Wnuk, doradczyni podatkowa i partnerka w Quidea
ikona lupy />
Agnieszka Wnuk, doradczyni podatkowa i partnerka w Quidea / Materiały prasowe

Odpowiedź Ministerstwa Finansów na interpelację poselską potwierdza, że plany objęcia abolicją podatników, którzy przeszli na estoński CIT w trakcie roku, ale ich zarząd nie podpisał sprawozdań finansowych, nie zostały porzucone. Jednocześnie wskazuje, że ostateczny kształt abolicji nie został jeszcze przesądzony. Jak wyjaśniono w odpowiedzi, MF przesłało pismo do organów Krajowej Administracji Skarbowej, aby uwzględniały plany legislacyjne dotyczące abolicji w prowadzonych przez siebie czynnościach.

Jednak wskazania zostały sformułowane nieprecyzyjnie. Może to spowodować, że organy KAS, poprzez brak pewności co do tego, których czynności należy zaniechać (czy tylko tych dotyczących podmiotów, których sprawozdania zostały podpisane wyłącznie przez głównego księgowego, czy również takich, które sprawozdania co prawda sporządziły, ale w ogóle nie zostały one podpisane), będą kontynuować dotychczasową działalność.

Dlatego należałoby jak najszybciej uchwalić przepisy wprowadzające abolicję. Projekt nowelizacji ustawy o PIT i CIT oraz innych ustaw (druk UD116) ma być w przyszłym tygodniu (tj. 10 grudnia 2025 roku) omawiany podczas konferencji uzgodnieniowej. Warto, aby kolejne kroki na ścieżce legislacyjnej zostały przyśpieszone. Pozwoliłoby to z jednej strony nie pozostawiać podatników w niepewności co do ich sytuacji, a z drugiej – nie marnować zasobów KAS na zajmowanie się sprawami, które i tak zostaną objęte abolicją.

Jeśli abolicja ma faktycznie zostać skutecznie wprowadzona, warto rozważyć wydzielenie przepisów, w tym zakresie, do odrębnej ustawy. Tak, aby nie łączyć ich z przepisami podwyższającymi podatki i niekorzystnymi dla podatników, mając w szczególności na uwadze, że prezydent dotychczas dotrzymuje (w większości przypadków) swojej wyborczej obietnicy sprzeciwiania się im.