Polskie zwolnienie kolejowe było zgodne z prawem UE. Teraz mogą być spory o odsetki

Może być walka o odsetki

Zdaniem ekspertów podatnicy w wielu przypadkach mają podstawy do żądania odsetek. Niekiedy mowa o milionowych kwotach.

– Należy ostrożnie podchodzić do rozwiązań stosowanych przez lokalne organy podatkowe w zakresie zwrotu odsetek i sposobu ich kalkulacji – przestrzega Adam Hellwig, adwokat i doradca podatkowy w Paczuski Taudul Doradcy Podatkowi.

Podkreśla, że jest to szczególnie ważne, gdy nadpłata podatku jest zaliczana na poczet bieżących zobowiązań podatkowych. – W każdym przypadku podatnik powinien wystąpić do organu z wnioskiem o wydanie postanowienia w sprawie zaliczenia – radzi ekspert.

– Obserwuję różne manewry organów – od odmowy zwrotu odsetek po karkołomne i niezgodne z przepisami próby ograniczenia biegu ich naliczania – mówi Adam Hellwig.

Zwolnienie kolejowe

Chodzi o nieobowiązujące już brzmienie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych. W latach 2017–2021 na podstawie tego przepisu zwolnione z podatku były grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, a udostępnione przewoźnikom kolejowym.

Od 2022 r. zwolnienie zostało zawężone; wykluczono z niego infrastrukturę prywatną. Uznano, że preferencja nie powinna dotyczyć gruntów wykorzystywanych do prowadzenia działalności niezwiązanej z kolejnictwem.

Spór o dyskryminację

Mimo że przed 2022 r. obowiązywało zwolnienie w szerszym zakresie, fiskus odmówił go m.in. spółce, która na gruntach będących w jej użytkowaniu wieczystym miała bocznicę kolejową i planowała udostępnić ją licencjonowanym przewoźnikom kolejowym. Chciała też dokupić działki, na których znajdowały się dalsze fragmenty bocznicy.

Prezydent miasta, na którego terenie znajdowały się te grunty, uznał jednak, że przepisy, które od 2017 r. wprowadziły zwolnienie w szerokim zakresie, nie powinny być stosowane, bo nie zostały uprzednio zgłoszone Komisji Europejskiej. Dopóki zatem KE nie zezwoli na przyznanie pomocy publicznej w tym zakresie, dopóty zwolnienie nie przysługuje – stwierdził prezydent miasta.

Zgodził się z nim rzeszowski WSA (sygn. akt I SA/Rz 563/21). Stwierdził, że zwolnienie powinno być zgłoszone do KE, bo będzie selektywne. Będzie uprzywilejowywać wybranych podatników względem tych, którzy prowadzą taką samą lub podobną działalność, ale nie posiadają nieruchomości zabudowanej elementami infrastruktury kolejowej.

Zwolnienie nie było selektywne

Pewności w tym zakresie nie miał Naczelny Sąd Administracyjny i dlatego skierował do TSUE pytanie prejudycjalne (III FSK 3/22). Spytał unijny trybunał, czy zwolnienie przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a polskiej ustawy o podatkach i opłatach lokalnych można uznać za niedozwoloną selektywną pomoc publiczną.

W wyroku z 29 kwietnia 2025 r. TSUE stwierdził, że nie ma o tym mowy. Orzekł, że przepis dotyczy zwykłego zwolnienia z podatku, które nie powinno być traktowane jako niedozwolona, selektywna pomoc państwa. Zastrzegł jednak, że ostateczną decyzję podejmie NSA.

Na wyrok sądu kasacyjnego w sprawie, która była przedmiotem orzeczenia TSUE, będziemy musieli poczekać do drugiej połowy sierpnia.

NSA: zwolnienie nie było niedozwoloną pomocą publiczną

Już teraz natomiast na wokandę NSA trafiły sprawy innych podatników. Obie dotyczyły spółek, które na podstawie umowy z licencjonowanym przewoźnikiem kolejowym udostępniały mu grunty i budowle wchodzące w skład bocznicy kolejowej.

W obu sprawach lokalne organy podatkowe odmówiły prawa do zwolnienia z podatku od nieruchomości, sięgając po ten sam argument – że zwolnienie, gdyby zostało przyznane, miałoby charakter pomocy publicznej, a art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy o podatkach i opłatach lokalnych nie był zgłoszony do KE, co wyklucza możliwość jego zastosowania.

W jednej z tych spraw warszawski WSA orzekł – jeszcze przed wyrokiem TSUE – że spółce należało się zwolnienie (III SA/Wa 2678/21). Tak samo stwierdził sąd kasacyjny.

W drugiej WSA w Szczecinie przyznał rację fiskusowi (I SA/Sz 140/22), ale NSA uchylił ten wyrok i wydaną spółce interpretację indywidualną.

W obu sprawach sąd kasacyjny uznał, że spółki spełniały warunki zwolnienia, a zarazem nie było podstaw do tego, by żądać notyfikacji zwolnienia jako pomocy publicznej.