Ze względu na to, że w zdecydowanej większości przypadków podatkiem dochodowym od osób fizycznych opodatkowany jest dochód, dla wyznaczenia zobowiązania podatkowego w takiej daninie kluczowe znaczenie ma identyfikacja dwóch elementów: przychodu i kosztów jego uzyskania.
Ważne jest to, że nie chcąc przepłacać podatku dochodowego, ale jednocześnie dążąc do eliminacji ryzyka jego zaniżenia, należy zastosować prawidłowe metody identyfikacji kosztów uzyskania przychodu. Co ważne, w pierwszej kolejności należy dokonać wyboru właściwej metody identyfikacji podatkowych kosztów uzyskania przychodów. W PIT prawodawca posługuje się kilkoma szczególnymi rozwiązaniami. W zależności bowiem od okoliczności, i nie zawsze jest to alokacja przychodu w danym źródle, mogą one przybrać postać kosztów faktycznie ponoszonych, zryczałtowanych kwotowych, zryczałtowanych proporcjonalnych, zryczałtowanych proporcjonalnych, ale z progiem ustawowym, czy nawet wynikających z zastosowania jeszcze bardziej szczególnej metody (np. wskaźnik waloryzacji). Oprócz tego ważne jest określenie wysokości kosztów. Należy przy tym pamiętać o wyłączeniach, jakie ustawodawca zapisał w obszernym katalogu. Gdy już wiemy, jak i w jakiej wysokości identyfikowane są podatkowe koszty uzyskania, pozostaje jeszcze kwestia ich właściwej alokacji w czasie. Tutaj również podatnicy mogą się natknąć na wiele niespodzianek czy raczej pułapek.