Chodzi o projekt ustawy o zasadach rozliczeń w podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego.
Zgodnie z projektem jednostki samorządu terytorialnego będą musiały od 1 stycznia 2017 r. rozliczać podatek VAT wraz ze wszystkimi swoimi jednostkami organizacyjnymi. Oznacza to, że jednostki organizacyjne nie będą mogły rozliczać się odrębnie.
We wrześniu ub. r. Trybunał Sprawiedliwości UE orzekł, że gminne jednostki budżetowe nie są podatnikiem VAT. Unijni sędziowie uznali, że "podmioty prawa publicznego, takie jak gminne jednostki budżetowe będące przedmiotem postępowania głównego, nie mogą być uznane za podatników podatku od wartości dodanej, ponieważ nie spełniają kryterium samodzielności przewidzianego w tym przepisie".
Zdaniem ekspertów było to rewolucyjne orzeczenie - wynika m.in. z niego, że gminy muszą przejąć rozliczenia VAT swoich zakładów budżetowych, ale też same będą mogły odliczać podatek.
Resort finansów obiecał, że da czas samorządom na przygotowanie się do nowego modelu rozliczeń i opracuje nowe przepisy.
Problematykę tę podjął uchwale z października 2015 r. Naczelny Sąd Administracyjny, uznając, że dotychczasowe orzecznictwo w tej materii jest nieaktualne. Sąd stwierdził, że zarówno w stosunkach między zakładem budżetowym i gminą, jak i w stosunkach z podmiotami trzecimi, podatnikiem pozostaje tylko gmina.
"Mając na uwadze wyrok TSUE oraz uchwałę NSA niezbędne jest dokonanie jak najszybszej centralizacji rozliczeń w zakresie podatku VAT w samorządach. Centralizacja ta musi objąć utworzone przez samorządy jednostki organizacyjne, przez które należy rozumieć jednostki budżetowe, zakłady budżetowe oraz urzędy gminy, starostwa powiatowe i urzędy marszałkowskie" - napisano w uzasadnieniu do projektu.
Projekt reguluje kwestie dotyczące m.in.: sukcesji praw i obowiązków jednostek samorządu terytorialnego po swoich jednostkach organizacyjnych będących podatnikami VAT; wyrejestrowania jednostek organizacyjnych ze spisu podatników VAT; fakturowania na rzecz samorządów w okresie przejściowym; zasady wyliczania tzw. współczynnika struktury sprzedaży; ewidencjonowania sprzedaży na kasach fiskalnych; korekt wcześniejszych rozliczeń.
Projekt reguluje także kwestię rozliczenia środków unijnych przeznaczonych na projekty realizowane do końca 2015 r. W związku z ubiegłorocznym wyrokiem TSUE pojawił się bowiem problem związany z koniecznością zwrotu przez gminy środków unijnych obejmujących refundację VAT zawartego w cenie realizowanych projektów.
Zgodnie z przepisami unijnymi VAT może być podatkiem kwalifikowalnym, czyli takim, który podlega refundacji z dotacji unijnych, ale tylko w sytuacji, kiedy inwestor - gmina - nie ma prawa rozliczyć podatku z urzędem skarbowym. Tymczasem TSUE potwierdził w wyroku, że gminy miały możliwość rozliczenia VAT z fiskusem. W związku z tym powinny też zwrócić odpowiednią część dotacji do budżetu UE.
Projekt przewiduje, że samorząd lub jego jednostka organizacyjna nie będzie musiała zwracać pieniędzy z UE w takim zakresie, w jakim nastąpiła zmiana kwalifikowalności VAT (w związku z wyrokiem TSUE) - w części dotyczącej kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowanej ze środków przeznaczonych na realizację projektów.
Uznano, że w przypadku, gdy wyrok Trybunału miał wpływ na zmianę kwalifikowalności VAT i okazało się, że samorząd lub jego jednostka w chwili ponoszenia wydatku miał jednak prawo do odliczenia VAT naliczonego, samorząd (lub jego jednostka) zostanie zwolniony z obowiązku zwrotu środków z UE wydatkowanych na zapłatę podatku. Ze zwolnienia tego będą mogły skorzystać tylko te samorządy i ich jednostki organizacyjne, które wcześniej nie odliczyły podatku naliczonego z tego tytułu.