Przesunięcie o pół roku wejścia w życie ustawy o administracji podatkowej spowoduje również odsunięcie w czasie nadania nowych funkcji naczelnikom urzędów celnych i dyrektorom izb celnych.
Ustawa o administracji podatkowej przewiduje, że naczelnicy UC i dyrektorzy IC staną się organami postępowania przygotowawczego w sprawach karnych skarbowych. W związku z tym minister finansów wydał rozporządzenie z 26 listopada 2015 r. w sprawie właściwości miejscowej naczelników urzędów celnych i dyrektorów izb celnych oraz wyznaczonych naczelników urzędów celnych do wykonywania zadań określonych w kodeksie karnym skarbowym. Zarówno ustawa, jak i rozporządzenie miały wejść w życie 1 stycznia 2016 r. Sejm przesunął jednak termin dotyczący ustawy o administracji na 1 lipca 2016 r. W związku z tym konieczne było również przesunięcie terminu obowiązywania rozporządzenia. Dlatego Ministerstwo Finansów opublikowało już projekt rozporządzenia zmieniający również przepisy mające na celu nadanie nowych funkcji naczelnikom i dyrektorom administracji celnej. Zmiany nastąpią w efekcie 1 lipca 2016 r.