Szczepienia przeciwko grypie opłacone przez firmę to dla pracownika nieodpłatne świadczenie, które podlega opodatkowaniu razem z innymi przychodami ze stosunku pracy (art. 12 ust. 1 ustawy o PIT; t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 361 z późn. zm.). Szczepienia takie nie korzystają ze zwolnienia od PIT, bowiem nie są zaliczane do obowiązkowych świadczeń zdrowotnych, które pracodawca musi zapewnić pracownikom na podstawie powszechnie obowiązujących przepisów.

Wartość szczepienia należy doliczyć w miesiącu jego otrzymania do pozostałych przychodów pracownika ze stosunku pracy i od łącznej kwoty pobrać zaliczkę na PIT oraz składki na ZUS. Przy czym świadczenie takie może być zwolnione ze składek ZUS, jeśli wynika z układów zbiorowych pracy, regulaminów wynagradzania lub przepisów o wynagradzaniu, a pracownik ponosi za nie częściową odpłatność. Tak stanowi par. 2 ust. 1 pkt 26 rozporządzenia ministra pracy i polityki socjalnej w sprawie szczegółowych zasad ustalania podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe (Dz.U. z 1998 r. nr 161, poz. 1106 z późn. zm.).

Od zasady opodatkowania szczepień ochronnych obowiązuje jednak wyjątek. Zakup szczepionek dla pracowników jest wolny od podatku na mocy art. 21 ust. 1 pkt 11 ustawy o PIT w takich miejscach pracy, w których pracownicy są bezpośrednio narażeni na zarażenie szkodliwymi czynnikami biologicznymi (dotyczy to m.in. jednostek ochrony zdrowia, zakładów produkujących żywność, laboratoriów). W takim przypadku pracodawca ma obowiązek zapewnić odpowiednie szczepienia ochronne na podstawie rozporządzenia ministra zdrowia w sprawie szkodliwych czynników biologicznych dla zdrowia w środowisku pracy oraz ochrony zdrowia pracowników zawodowo narażonych na te czynniki (Dz.U. z 2005 r. nr 81, poz. 716 z późn. zm.).

Niezależnie od opodatkowania szczepionek na grypę po stronie pracownika, firma wydatki na ten cel może zaliczyć do swoich kosztów podatkowych (w dacie ich poniesienia). O ile faktycznie dokonano szczepienia pracowników w celu ograniczenia ich zachorowalności, a co za tym idzie – i absencji, mającej wpływ na zmniejszenie przychodów (por. wyrok NSA z 23 stycznia 2008 r., sygn. akt II FSK 1622/06).