Wcześniej w obu sprawach Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi orzekł korzystnie dla podatnika.
Oba sprzeczne ze sobą wyroki zostały wydane przez Naczelny Sąd Administracyjny z powołaniem na te same przepisy ordynacji podatkowej. W obu sprawach chodziło o nadpłatę za 2004 r., co oznaczało, że prawo podatnika do złożenia wniosku o nadpłatę wygasało 31 grudnia 2009 r., po upływie pięcioletniego terminu.
W pierwszym wyroku chodziło o spółkę, która wniosek o zwrot nadpłaty wysłała pocztą 31 grudnia 2009 r., czyli w ostatnim dniu przed dniem przedawnienia. Wniosek miał rozpatrzyć prezydent miasta jako organ pierwszej instancji. Prezydent umorzył jednak postępowanie, bo wniosek trafił do niego 4 stycznia 2010 r. Prezydent uznał, że nadpłata przedawniła się, zanim dokumenty dotarły do urzędu. Jako podstawę wskazał art. 165 par. 3 ordynacji podatkowej, zgodnie z którym prezydent miasta może rozpocząć postępowanie w sprawie nadpłaty dopiero w dniu, kiedy otrzyma wniosek.
Spółka odwołała się od tej decyzji, uznając, że nie utraciła prawa do nadpłaty, skoro wniosek na poczcie złożyła w ostatnim dniu przed przedawnieniem podatku. Zgodził się z nią łódzki Wojewódzki Sąd Administracyjny (sygn. I SA/Łd 739/10). Sąd stwierdził, że prawo do złożenia wniosku o nadpłatę nie jest tym samym co rozpoczęcie postępowania w jej sprawie przez organ. W przeciwnym razie - jak dodał WSA - spółka musiałaby odpowiednio wcześniej wysłać wniosek o nadpłatę tak, aby trafił on do prezydenta miasta przed dniem przedawnienia podatku. Taki wymóg - zdaniem sądu - byłby niedozwolony, bo uzależniałby prawo do nadpłaty od niepewnego działania poczty i skracał termin na ubieganie się o zwrot nadpłaty (określony w art. 79 par. 2 ordynacji podatkowej).
Wyrok ten uchylił 31 lipca br. Naczelny Sąd Administracyjny (sygn. II FSK 71/11). Orzekł, że spółka powinna była wysyłać wniosek wcześniej, bo wiadomo było, że jeśli wyśle go w ostatnim dniu terminu, to na pewno wniosek ten nie dotrze do prezydenta miasta przed upływem terminu przedawnienia. Tymczasem - jak stwierdził NSA - aby można było zwrócić nadpłatę, musi być przeprowadzone postępowanie, które ma określić jej wysokość.
W drugiej sprawie rozpatrywanej przez NSA stan faktyczny był bardzo podobny. Spółka wysłała wniosek 30 grudnia 2009 r., a więc na dwa dni przed terminem przedawnienia. Wniosek ten dotarł do prezydenta miasta 5 stycznia 2010 r. W tej sprawie również prezydent nie rozpatrzył wniosku i umorzył postępowania. Gdy sprawa trafiła do łódzkiego WSA, ten - podobnie jak w pierwszej sprawie - przyznał rację spółce (sygn. I SA/Łd 742/10). Sąd stwierdził, że spółka - wysyłając wniosek pocztą 30 grudnia 2009 r. - dotrzymała terminu zapisanego w art. 79 par. 2 ordynacji podatkowej.
W tej sprawie Naczelny Sąd Administracyjny uznał wyrok sądu I instancji za prawidłowy i 13 września 2012 r. oddalił skargę kasacyjną samorządowego kolegium odwoławczego (sygn. II FSK 202/11).
Oba wyroki NSA w obu sprawach są prawomocne.