Jeśli wysłany na czas wniosek o stwierdzenie nadpłaty trafi na biurko urzędnika wtedy, gdy zobowiązanie podatkowe już się przedawniło, może zostać odrzucony. A sądy w takich przypadkach rozstrzygają różnie.
Zgodnie z Ordynacją podatkową (t.j. Dz.U. z 2012 r., poz. 749 z późn. zm.) nadanie pisma na poczcie w danym dniu powinno być traktowane tak, jak gdyby to pismo w tym samym dniu zostało złożone w urzędzie. Tymczasem Naczelny Sąd Administracyjny uznał jednak, że odrzucenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty dostarczonego po terminie (ale wysłanego na czas – przyp. red.) jest zgodne z prawem. W wyroku z 31 lipca 2012 r. (sygn. akt II FSK 71/11) sąd uznał, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku jest równoznaczny z wszczęciem postępowania na żądanie strony. W ocenie sędziów, w takim przypadku datą wszczęcia postępowania jest data doręczenia pisma, a nie nadania go na poczcie.
Sprawa dotyczyła skrajnego przypadku, tj. wysłania przez podatnika wniosku w ostatnim dniu terminu. Spółka wysłała listem poleconym korektę deklaracji wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty 31 grudnia 2009 r. Jednak koperta do organu podatkowego fizycznie wpłynęła 4 stycznia 2010 r. Korekta dotyczyła podatku od nieruchomości za 2004 r. Prezydent miasta uznał, że jeśli dostał pismo spółki w styczniu, to miał prawo nie prowadzić postępowania o zwrot nadpłaty podatku. W jego ocenie sprawa przedawniła się wraz z upływem 2009 r. Tym samym wniosek spółki stał się bezprzedmiotowy. Spółka wygrała sprawę przed WSA w Łodzi, ale przegrała ostatecznie przed NSA.