Budynki związane z działalnością zdrowotną są objęte niższą stawką podatku od nieruchomości. Podmioty świadczące takie usługi korzystają też z preferencji w CIT.
Podmioty prowadzące działalność w zakresie udzielania świadczeń zdrowotnych (np. szpitale) korzystają z różnego rodzaju preferencji podatkowych. Jedną z nich jest możliwość stosowania niższej stawki podatku od nieruchomości.

Preferencyjny podatek

W ustawie o podatkach i opłatach lokalnych (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 95, poz. 613 z późn. zm.) od 1 stycznia 2011 r. obowiązuje nowe brzmienie art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. d). Zgodnie z tym przepisem od budynków lub ich części związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej w zakresie udzielania świadczeń zdrowotnych maksymalna stawka podatku w 2011 r. może wynieść 4,27 zł od 1 mkw. powierzchni użytkowej.
Z powyższego przepisu wynika, że wszystkie pomieszczenia np. szpitala są opodatkowane według preferencyjnej stawki podatku, z niewielkimi wyjątkami. Jeśli szpital lub inna placówka świadcząca usługi zdrowotne wynajmie część pomieszczeń innemu podmiotowi, np. aptece, stołówce czy kawiarni, to ta część budynku będzie opodatkowana stawką właściwą dla budynków lub ich części związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej.
Z preferencji w podatku od nieruchomości wyłączona jest inna działalność niż związana z udzielaniem świadczeń zdrowotnych.

Zwolnienie z CIT

Preferencje obowiązują również w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych. Dochody podatników, których celem statutowym jest działalność w zakresie ochrony zdrowia, są zwolnione z CIT w części przeznaczonej na tę działalność.
W orzecznictwie sądów administracyjnych rozstrzygane są spory dotyczące możliwości skorzystania ze zwolnienia z CIT przez niepubliczne zakłady opieki zdrowotnej. Organy podatkowe odmawiają takim jednostkom statusu podatnika CIT. Sądy administracyjne (np. NSA w wyroku o sygn. akt II FSK 978/07, WSA w Gliwicach, sygn. akt I SA/Gl 1009/10, WSA w Opolu, sygn. akt I SA/Op 2/11) wskazują natomiast, że niepubliczny zakład opieki zdrowotnej jest jednostką organizacyjną niemającą osobowości prawnej. W efekcie jest również podatnikiem w rozumieniu art. 1 ust. 2 ustawy o CIT (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 74, poz. 397 z późn. zm.). Spory te dotyczą jednak skarg na interpretacje indywidualne. Skarżący pytają nie tyle o to, czy niepubliczny zakład opieki zdrowotnej jest podatnikiem, ale czy może skorzystać ze zwolnienia określonego w art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.
Minister stwierdzając jednak, że jednostka nie jest podatnikiem CIT, uznaje, że nie ma potrzeby odpowiadać na pytanie dotyczące zwolnienia. W efekcie sądy rozpoznające skargi również twierdzą, że nie mogą się na ten temat wypowiedzieć.
Z przepisu art. 17 ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT wynika, że wolne są od podatku dochody podatników, których celem statutowym jest m.in. działalność w zakresie ochrony zdrowia – w części przeznaczonej na ten cel. Skoro więc niepubliczne zakłady opieki zdrowotnej świadczą statutową działalność w zakresie ochrony zdrowia, to znaczy, że ich przychody uzyskiwane z tej działalności są zwolnione z podatku dochodowego.