Każde państwo członkowskie posiada inne pojęcia i instytucje prawa cywilnego. Dlatego ustawy dotyczące harmonizacji VAT, a w ślad za nimi polski ustawodawca, konsekwentnie odwołują się do aspektów ekonomicznych transakcji, pomijając elementy cywilistyczne. Najpełniej widać to na przykładzie uregulowań dotyczących rodzajów czynności podlegających VAT. Taką czynnością jest m.in. odpłatna dostawa towarów na terytorium kraju, przez którą należy rozumieć przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel (art. 7 ust. 1 ustawy o VAT).

Jak zauważył WSA w Gdańsku w wyroku z 3 grudnia 2009 r. (sygn. akt I SA/Gd 642/09), chodzi tutaj o możliwość faktycznego dysponowania rzeczą, a nie rozporządzania nią w sensie prawa cywilnego. Dostawa towarów obejmuje wszelkie zbycie majątku rzeczowego przez jedną stronę, która upoważnia tym samym drugą stronę do dysponowania tym towarem w rzeczywistości tak, jakby była jego właścicielem. Ostatnio przekonały się o tym organy podatkowe, które odmówiły podatnikowi zwrotu VAT naliczonego, twierdząc, że faktura zawierająca podatek naliczony dokumentuje czynność, która w rzeczywistości nie została dokonana. Firma otrzymała od kontrahenta faktury dokumentujące sprzedaż trzech podziemnych zbiorników paliw płynnych. Zdaniem organów podatkowych, w momencie wystawiania faktur sprzedający nie był właścicielem tych zbiorników, gdyż zostały one zakopane w gruncie. Zgodnie z prawem cywilnym stały się więc własnością właściciela gruntu. WSA w Białymstoku w wyroku z 15 września 2010 r. (sygn. akt I SA/ BK169/10) nie podzielił tej argumentacji. Powołał się między innymi na wyrok NSA z 28 maja 2010 r. (sygn. akt I FSK 964/09). Czynnością, która podlega VAT, jest przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel, a nie skuteczne – w sensie prawa cywilnego – przeniesienie prawa własności.