W czasie kontroli podatkowej kontrolowany musi zapewnić osobom upoważnionym dostęp do akt, ksiąg i dokumentów związanych z przedmiotem kontroli. Z drugiej strony ma prawo do udziału w czynnościach kontrolnych, składania zastrzeżeń i wyjaśnień oraz wnoszenia sprzeciwu wobec czynności naruszających przepisy.

Kontrola podatkowa opiera się na przepisach ustawy Ordynacja podatkowa (art. 281-292). Celem takiej kontroli jest sprawdzenie, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego. Co do zasady kontrola podatkowa musi być poprzedzona zawiadomieniem. Zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej zawiera m.in.: oznaczenie organu oraz podmiotu kontrolowanego, wskazanie zakresu kontroli, pouczenie o prawie złożenia korekty deklaracji oraz podpis osoby upoważnionej do zawiadomienia.

Zasadą jest, że kontrola podatkowa nie może być ponownie wszczęta w zakresie spraw rozstrzygniętych już wcześniej decyzją ostateczną organu podatkowego. Istnieją jednak sytuacje, w których możliwe jest wszczęcie kontroli podatkowej w zakresie spraw już rozstrzygniętych decyzją ostateczną. Dotyczy to postępowań w: