Kto zastosuje się do wadliwej interpretacji, może stracić pieniądze

Uchylenie interpretacji przez sąd…

To, że podatnik nie odzyska nadpłaty, gdy niekorzystna dla niego interpretacja indywidualna zostanie uchylona przez sąd po przedawnieniu podatku, wiemy choćby z wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 stycznia 2026 r. (sygn. akt I FSK 240/23). Chodziło o VAT. Spółka go zapłaciła, bo dostosowała się do uzyskanej interpretacji indywidualnej w obawie przed powstaniem ewentualnej zaległości podatkowej. Zarazem jednak zaskarżyła tę interpretację do sądu. Gdy sąd ją uchylił, fiskus odmówił zwrotu nadpłaty. Powód? Podatek już się przedawnił.

Spółka poszła w tej sprawie znów do sądu, ale oba sądy – pierwszej i drugiej instancji – potwierdziły, że ze względu na przedawnienie firma nie odzyska już podatku. Uchylenie interpretacji indywidualnej po upływie terminu przedawnienia nie powoduje, że „odżywa” prawo spółki do złożenia wniosku o nadpłatę – wyjaśnił Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi (I SA/Łd 569/22).

Tego samego zdania był NSA. W ustnym uzasadnieniu podkreślił, że terminy przedawnienia stanowią granice, poza którymi nie ma już możliwości kształtowania wysokości zobowiązań podatkowych, niezależnie od tego, czy miałoby to być korzystne dla organu podatkowego, czy dla podatnika. Wyrok ten opisaliśmy szczegółowo w artykule Interpretacja uchylona po przedawnieniu. Jakie są szanse na odzyskanie nadpłaty? (DGP nr 6/2026).

… lub przez szefa KAS

Identyczny problem mają podatnicy, gdy po latach szef Krajowej Administracji Skarbowej uchyli niekorzystną interpretację indywidualną, bo stwierdzi jej nieprawidłowość, a w jej miejsce wyda nową. Wtedy również podatnik nie odzyska zapłaconej daniny, jeżeli jest już po okresie przedawnienia.

Potwierdził to NSA w wyrokach z 29 sierpnia 2018 r. (II FSK 2492/16, II FSK 2493/16 i II FSK 2955/16). Orzekł, że po zmianie interpretacji indywidualnej – z niekorzystnej na korzystną – nie ma możliwości zwrotu nadpłaty, jeżeli upłynął już termin przedawnienia. „Zasada nieszkodzenia w przypadku zastosowania się podatnika do interpretacji prawa podatkowego nie ma prymatu nad ogólnymi regułami prawa podatkowego. Nie może zatem służyć obejściu negatywnego dla podatników upływu terminu do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty” – stwierdził sąd kasacyjny we wszystkich tych wyrokach.

Wszystkie dotyczyły jednego podatnika - żołnierza, ale rozliczeń za różne lata, w tym za 2005 r. Mężczyzna, zgodnie z otrzymaną w 2007 r. interpretacją indywidualną, zapłacił PIT od należności z tytułu pełnienia służby poza granicami państwa W 2013 r. interpretacja została zmieniona z urzędu, co potwierdziło, że fiskusowi nie należał się podatek. Problem polegał na tym, że zobowiązanie przedawniło się już z upływem 2011 r. Z tego powodu żołnierz nie mógł już odzyskać nadpłaty, co potwierdził NSA.

Kto zastosuje się do wadliwej interpretacji, może stracić pieniądze. To niesprawiedliwe - mówią eksperci

- To klasyczny przykład pominięcia ducha prawa przy analizowaniu jego litery – mówi Piotr Kołodziejczyk. Jego zdaniem sytuacja, w której podatnik płaci podatek, polegając na wytycznych organów podatkowych, ale traci możliwość odzyskania nadpłaconych kwot mimo potwierdzenia prawidłowości swojego stanowiska, jest niesprawiedliwa.

Ekspert przyznaje, że od strony formalnej trudno nie zgodzić się ze skarbówką i sądami, że przedawnienie zobowiązania podatkowego definitywnie zamyka drogę do jakiejkolwiek ingerencji w jego wysokość. Co więcej – jak zauważa – tworzenie wyjątków od zasady nieodwracalności przedawnienia mogłoby być w dłuższej perspektywie bardziej niebezpieczne dla podatników niż dla Skarbu Państwa.

Z drugiej jednak strony – co podkreśla – trudno nie odczuwać pewnego sprzeciwu. – Oczywiście interpretacja indywidualna nie zawsze może być najlepszą ścieżką zabezpieczenia prawidłowości rozliczeń podatkowych (na pierwszy rzut oka wydaje się bezpieczniejsza i mniej angażująca, ale często właściwsze są inne mechanizmy). Trudno jednak wymagać od podatnika, aby świadomie działał wbrew otrzymanej negatywnej interpretacji, ponieważ w ten sposób narazi się na natychmiastowe zainteresowanie organów – zwraca uwagę Piotr Kołodziejczyk.

Wydłużyć przedawnienie?

Tego samego zdania jest Michał Rodak, doradca podatkowy w Grant Thornton. W jego ocenie jest problem i należałoby go rozwiązać poprzez zmianę przepisów. Rozwiązaniem – jak mówi – mogłoby być wydłużenie terminu przedawnienia w takich sprawach np. do 10 lat, bo ryzyko błędnej wykładni organu nie powinno obciążać podatnika działającego w dobrej wierze (patrz opinia w ramce).

Już dziś jest sposób. Potrzeba tylko dobrej woli

Nawet jednak gdyby te się nie zmieniły, to już teraz, w obecnych przepisach, Piotr Kołodziejczyk dostrzega możliwość zwrotu podatku – mimo przedawnienia – po uchyleniu wadliwej interpretacji.

Potrzeba tylko – jak mówi – dobrej woli organu, czyli bardziej prokonstytucyjnej wykładni art. 14m ordynacji podatkowej. Przepis ten zapewnia ochronę podatnikowi działającemu w zaufaniu do uzyskanej interpretacji indywidualnej, zwalniając go z obowiązku zapłaty podatku nawet wtedy, gdy organ podatkowy uzna tę interpretację za nieprawidłową w toku ewentualnego postępowania wymiarowego.

- Innymi słowy, rozliczenia podatnika są uznane za nieprawidłowe, ale nie musi on płacić podatku, ponieważ polegał na wydanej dla niego interpretacji indywidualnej. Skoro więc państwo jest gotowe zaakceptować „niedopłatę” wynikającą z zaufania do interpretacji (nawet błędnej), to mechanizm ten powinien zadziałać również w drugą stronę – jako prawo do zwrotu podatku zapłaconego nienależnie, bez wzruszania prawidłowości samych zamkniętych już rozliczeń – uważa Piotr Kołodziejczyk.

W jego ocenie takie podejście byłoby w zgodzie z zasadami prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 par. 1 ordynacji) oraz rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika (art. 2a i art. 122 par. 2 ordynacji). – Miałoby też znaczenie w zakresie wzmocnienia znaczenia interpretacji jako instrumentu budowania pewności prawa – a tego nigdy za wiele – puentuje Piotr Kołodziejczyk.

Koniecznie trzeba zmienić przepisy

Wyrok NSA z 8 stycznia 2026 r. pokazuje wprost, że przedawnienie podatku wytycza nieprzekraczalną granicę rozliczeń. Jeżeli podatnik, kierując się niekorzystną interpretacją indywidualną, zapłacił podatek, to samo jej uchylenie, choćby po latach, nie wpływa na skutki przedawnienia i nie przywraca prawa do dochodzenia nadpłaty.

To bardzo krzywdzące dla podatników, ponieważ prowadzi do tego, że podatnik ponosi ekonomiczny ciężar daniny tylko dlatego, iż postąpił ostrożnie i w zaufaniu do stanowiska organu. Uważam, że ta kwestia powinna zostać rozwiązana systemowo, poprzez zmianę przepisów.

W mojej ocenie, jeżeli podatnik zastosował się do interpretacji, która następnie została uchylona przez sąd albo zmieniona z urzędu, to powinien mieć realną możliwość odzyskania nadpłaty także po upływie standardowego terminu. Rozwiązaniem mogłoby być wydłużenie terminu przedawnienia w takich sprawach np. do 10 lat, bo ryzyko błędnej wykładni organu nie powinno obciążać podatnika działającego w dobrej wierze. Tym bardziej, że czas oczekiwania na rozstrzygnięcie NSA bywa na tyle długi, że dzisiaj podatnik może „wygrać” merytorycznie, ale przegrać finansowo.

Rozstrzygnięcie NSA jest bardzo ważne m.in. w kontekście ulg podatkowych. Jeżeli firma po otrzymaniu niekorzystnej interpretacji zrezygnuje z odliczenia i czeka na rozstrzygnięcie sądów, to może się okazać, że wygra, ale finansowo niczego już nie odzyska, bo minął termin. Dlatego w wielu przypadkach nie wystarczy czekać na wyrok, trzeba pilnować kalendarza i odpowiednio wcześnie rozważyć złożenie korekty oraz wniosku o nadpłatę, tak aby prawo do zwrotu nie wygasło.