Problem dotyczy nie tylko wykreślania z rejestru podatników czynnych VAT, ale też z rejestru podatników VAT-UE. W tym ostatnim znajdują się podatnicy, którzy:
1) dokonują wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów;
2) dokonują wewnątrzwspólnotowego nabycia;
3) kupują usługi w ramach importu usług;
4) świadczą usługi dla unijnych (niepolskich) podatników podatku od wartości dodanej lub osób prawnych niebędących takimi podatnikami, ale zidentyfikowanych na potrzeby podatku od wartości dodanej (potocznie zwane eksportem usług).
Rejestr podatników VAT coraz chudszy
Rejestr podatników VAT coraz chudszy

Zobacz również
Niektóre z tych czynności wiążą się z obowiązkiem składania informacji podsumowujących. Nie zawsze jednak jest to konieczne. Przykładowo podatnicy, którzy tylko kupują usługi z innego kraju UE (import usług), nie składają informacji podsumowujących.
Z rejestru VAT podatnicy są wykluczani na podstawie art. 96 ust. 6 i 8–9a, z rejestru VAT-UE – na podstawie art. 97 ust. 15 i 15a. Zgodnie z tym ostatnim podatnik jest wykreślany z rejestru VAT-UE, gdy:
● złożył za 3 kolejne miesiące lub kwartał deklaracje, w których nie wykazał sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia;
● przez 3 kolejne miesiące nie składał informacji podsumowujących pomimo istnienia takiego obowiązku.
W obu przypadkach naczelnik US powiadamia podatnika o wykreśleniu z rejestru VAT-UE. A na jakich zasadach przywraca?
Tu jest problem. O ile bowiem do rejestru podatników czynnych VAT można w niektórych sytuacjach powrócić bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego [ramka 1], o tyle przepisy dotyczące przywracania do rejestru VAT-UE nie są tak oczywiste. Jedynym, który na pierwszy rzut oka mógłby mieć tu zastosowanie, jest art. 97 ust. 16. Wynika z niego, że art. 96 ust. 9g–9i, a więc te mówiące o przywracaniu bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, „stosuje się odpowiednio”. Okazuje się jednak, że przepis ten nie ma zastosowania do podatników wykreślonych z rejestru VAT-UE na podstawie art. 97 ust. 15 i 15a. Tak wynika z odpowiedzi MF na pytanie naszej redakcji. [ramka 2] Słowem, nie obędzie się bez ponownego złożenia zgłoszenia rejestracyjnego, jeżeli podatnik zostanie wykreślony z rejestru VAT-UE na podstawie art. 97 ust. 15 i 15a.
Kogo zatem dotyczy art. 97 ust. 16? Z odpowiedzi MF wynika, że tylko podmiotów wykreślonych na podstawie art. 96 ust. 6 i 8–9a (co jest równoznaczne z wykreśleniem z rejestru VAT-UE).
RAMKA 1
Kiedy i na jakich zasadach
Wykreślenie z rejestru Powód wykreślenia Zasady przywrócenia do rejestru
podatników czynnych VAT na podstawie art. 96 ust. 6 lub ust. 8 jeżeli podatnik zaprzestał wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu tylko po ponownym złożeniu zgłoszenia rejestracyjnego
podatników czynnych VAT na podstawie art. 96 ust. 9 jeżeli: – podatnik nie istnieje, lub – mimo podjętych udokumentowanych prób nie ma możliwości skontaktowania się z podatnikiem albo jego pełnomocnikiem, lub – dane podane w zgłoszeniu rejestracyjnym okażą się niezgodne z prawdą, lub – podatnik albo jego pełnomocnik nie stawia się na wezwania z urzędu bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, jeżeli podatnik udowodni, że prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą
podatników czynnych VAT na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 1 jeżeli podatnik zawiesił wykonywanie działalności gospodarczej na co najmniej 6 kolejnych miesięcy bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, z dniem wznowienia wykonywania działalności gospodarczej
podatników czynnych VAT na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 2 jeżeli podatnik, będąc zobowiązanym do złożenia deklaracji VAT, nie złożył ich za 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, jeżeli podatnik udowodni, że prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą oraz niezwłocznie złoży brakujące deklaracje
podatników czynnych VAT na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 3 jeżeli podatnik złożył przez 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały deklaracje VAT, w których nie wykazał sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia tylko po ponownym złożeniu zgłoszenia rejestracyjnego
podatników czynnych VAT na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 4 jeżeli podatnik wystawiał faktury (lub faktury korygujące) dokumentujące czynności, które nie zostały dokonane bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, jeżeli podatnik wykaże, że prowadzi działalność gospodarczą, a wystawienie faktury (lub faktury korygującej) dokumentującej czynności, które nie zostały dokonane, było wynikiem pomyłki lub nastąpiło bez wiedzy podatnika
podatników czynnych VAT na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 5 jeżeli podatnik, prowadząc działalność gospodarczą, wiedział lub miał uzasadnione podstawy do tego, aby przypuszczać, że dostawcy lub nabywcy biorący udział pośrednio lub bezpośrednio w dostawie tego samego towaru lub usługi uczestniczą w nierzetelnym rozliczaniu podatku w celu odniesienia korzyści majątkowej tylko po ponownym złożeniu zgłoszenia rejestracyjnego
VAT-UE na podstawie art. 97 ust. 15 jeżeli podatnik złożył za 3 kolejne miesiące lub kwartał deklaracje VAT, w których nie wykazał sprzedaży lub nabycia towarów lub usług z kwotami podatku do odliczenia tylko po ponownym złożeniu zgłoszenia rejestracyjnego
VAT-UE na podstawie art. 97 ust. 15a jeżeli podatnik przez 3 kolejne miesiące nie składał informacji podsumowujących pomimo takiego obowiązku tylko po ponownym złożeniu zgłoszenia rejestracyjnego
Uwaga: zgodnie z wykładnią art. 97 ust. 16 wykreślenie podatnika z rejestru VAT powoduje automatycznie wykreślenie z rejestru jako podatnika VAT-UE, a przywrócenie do rejestru VAT na podstawie art. 96 ust. 9g–9i skutkuje również przywróceniem do rejestru VAT-UE.
RAMKA 2
Odpowiedź MF na pytanie DGP (fragment)
(...) Należy zwrócić zatem uwagę, że art. 97 ust. 15 i 15a ustawy o VAT, w przeciwieństwie do art. 97 ust. 16 ustawy, nie wskazują na odpowiednie stosowanie regulacji dotyczących przywrócenia rejestracji podatnika wykreślonego wcześniej z rejestru. W konsekwencji, w przypadku wykreślenia podmiotu z rejestru podatników VAT-UE na podstawie art. 97 ust. 15 lub 15a ustawy o VAT, nie istnieje podstawa prawna umożliwiająca naczelnikowi urzędu skarbowego dokonanie przywrócenia rejestracji podatnika VAT-UE bez składania przez podatnika zgłoszenia rejestracyjnego.