Przedsiębiorca posiadający lokalizację działalności także poza specjalną strefą ekonomiczną powinien dokonać wydzielenia organizacyjnego swojej części strefowej. Obecnie przyjmuje się, że nie ma konieczności tworzenia odrębnego oddziału sporządzającego bilans. Wystarczające jest samo prowadzenie ksiąg rachunkowych w taki sposób, aby umożliwić dokładne określenie przychodów i kosztów odrębnie dla działalności wykonywanej zarówno na obszarze strefy, jak i poza nią.

Trudność może pojawić się w przypadku kosztów, które są wspólne dla całej działalności. Jeżeli brak jest możliwości ich przyporządkowania, należy wówczas dokonać alokacji według proporcji, w jakiej przychody ze źródeł położonych w strefie oraz poza nią pozostają w ogólnej kwocie przychodów.

Inny problem występuje, gdy w procesie produkcji pewne jej cykle prowadzone są poza strefą. W tej sytuacji poszczególne zakłady tego samego przedsiębiorcy należy traktować jak dwa odrębne podmioty powiązane. Innymi słowy, nawet gdy finalny produkt jest sprzedawany przez jednostkę strefową, to dochód z transakcji trzeba w odpowiedniej proporcji przyporządkować także zakładowi działającemu poza strefą i w tej części go opodatkować. Stosuje się tu powszechne metody szacowania dochodów podmiotów powiązanych.

Także przedsiębiorcy prowadzący działalność wyłącznie w strefie mają wątpliwości, czy cały ich dochód podlega zwolnieniu, jeżeli w ramach transakcji określone czynności wykonywane są poza strefą. W takim przypadku dla zachowania całości zwolnienia z podatku dochodowego należy zbadać, czy działalność pozastrefowa ma charakter jedynie pomocniczy. Przykładowo dochód z wytworzenia maszyny w strefie wraz z prostym jej montażem poza strefą powinien w całości korzystać ze zwolnienia podatkowego.