Konsekwencje dokonanego wyboru dotyczą przede wszystkim podatków pośrednich. W przypadku transakcji obejmującej przedsiębiorstwo VAT nie będzie miał zastosowania. Gdyby sprzedający VAT naliczył (uznając, że przedmiotem sprzedaży są składniki majątkowe), to kupujący po pierwsze nie będzie miał prawa do odliczenia VAT naliczonego, a po drugie będzie zobowiązany do zapłaty PCC.

Przeglądając orzecznictwo oraz interpretacje fiskusa, można odnieść wrażenie, że sądom znacznie mniej wystarcza, aby zespół składników majątkowych uznać za przedsiębiorstwo, wystarczy, że zespół tych składników zawiera kluczowe elementy konieczne do prowadzenia samodzielnej działalności. Urzędy mają bardziej aptekarskie podejście i wystarczy brak jakiegokolwiek, choćby nieistotnego, elementu przedsiębiorstwa, aby uznały sprzedaż za podlegającą (co do zasady) VAT. Ze względu na te rozbieżności, powszechną praktyką jest występowanie o wiążące interpretacje potwierdzające taką czy inną kwalifikację. Potencjalny kupujący, nie mając pewności, czy przedmiot zakupu nie należy potraktować jako przedsiębiorstwo i czy w związku z tym transakcja będzie podlegała VAT, zwykle zadaje izbie skarbowej pytanie, czy będzie uprawniony do odliczenia VAT. I tutaj należy przestrzec podatników, że czas potrzebny na zdobycie interpretacji może być dłuższy niż 3 miesiące.

Ostatnio izby skarbowe, odpowiadając na pytanie, czy kupujący będzie miał prawo do odliczenia VAT, w związku z wątpliwościami dotyczącymi kwalifikacji przedmiotu sprzedaży, wzywają podatników do uzupełnienia wniosku o informację, czy transakcja będzie podlegała VAT. Co najdziwniejsze, brakująca informacja, zdaniem urzędów, jest elementem stanu faktycznego. Należy mieć nadzieję, że wkrótce ta wygodna dla urzędów praktyka zostanie ukrócona, na razie należy jednak planować realizację transakcji z większym wyprzedzeniem.