Implementacja tej opcji do przepisów krajowych w części dotyczącej tzw. zorganizowanej części przedsiębiorstwa, jak również praktyka, która się wykształciła, nie są zgodne z celem dyrektywy.

Z punktu widzenia dyrektywy wyłączenie z opodatkowania powinno dotyczyć przedsiębiorstwa lub części majątku, która może faktycznie funkcjonować jako odrębny biznes. Najistotniejsza jest analiza funkcjonalna przedmiotu zbycia. W wyroku w sprawie C-444/10 Christel Schriever Trybunał Sprawiedliwości UE rozważał możliwość zastosowania tego wyłączenia z opodatkowania w stosunku do transakcji, w której podatnik zbył całość zapasów oraz wyposażenie sklepu, natomiast lokal został jedynie wydzierżawiony.

Trybunał ocenił, że w celu ustalenia, czy transakcja mieści się w pojęciu przekazania aktywów w rozumieniu dyrektywy, należy dokonać całościowej oceny okoliczności faktycznych, w jakich transakcja ta następuje. Jest bezsporne, że przekazania tego nie można uznać jedynie za sprzedaż zapasu produktów. Ponieważ zarówno zapas towarów, jak i wyposażenie sklepu stanowiły składniki całości przekazanych aktywów, a nabywca kontynuował prowadzenie sklepu z artykułami sportowymi przez prawie dwa lata. Zatem czynność taka powinna korzystać z wyłączenia z opodatkowania.

Tymczasem przepisy krajowe definiują zorganizowaną część przedsiębiorstwa, kazuistycznie wymieniając pewne warunki oraz elementy majątku, które powinny zostać przeniesione, żeby transakcje uznać za zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Taka konstrukcja powoduje niezgodność z prawem unijnym.

Możliwe jest bowiem, że np. zespół aktywów, w skład którego nie wchodzą żadne zobowiązania, jest w stanie funkcjonować jako niezależny biznes, co przemawia za wyłączeniem zbycia takiej części przedsiębiorstwa z VAT.