Podatnik zapytał ministra finansów, czy wynagrodzenie dla pracownika realizującego prace w ramach Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego finansowane w 75 proc. z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego oraz w pozostałej części z budżetu samorządu województwa, może skorzystać z preferencji podatkowej. Do czasu uzyskania refundacji z budżetu UE koszty wynagrodzenia ponosił jednak budżet samorządu.

Organ podatkowy stwierdził, że takie wynagrodzenie nie korzysta ze zwolnienia, ponieważ w momencie wypłaty nie było finansowane ze środków bezzwrotnej pomocy.

Podatnik zaskarżył interpretację do sądu. WSA podważył pogląd fiskusa i uznał, że sposób przekazywania środków pomocowych jest kwestią techniczną, która nie ma znaczenia dla oceny źródła pochodzenia środków przeznaczonych na realizację programów finansowanych w ramach funduszy strukturalnych.

Na podstawie tej argumentacji skargę ministra finansów oddalił też NSA. Pogląd ten jest zgodny z dotychczasową linią orzeczniczą. Ponadto konieczne jest łączne spełnienie warunków określonych w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o PIT (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 51, poz. 307 z późn. zm.), czyli pierwotnego źródła finansowania, oraz ustalenie podmiotu, który ostatecznie ponosi ciężar finansowania programu. Sąd nie odniósł się wprost do kwestii zwolnienia z PIT finansowanych wynagrodzeń. Jednak na podstawie orzeczeń NSA (sygn. akt II FSK 517/09, II FSK 1609/10) uznać można, że warunek bezpośredniej realizacji zadań nie oznacza osobistego ich wykonania przez beneficjenta bezzwrotnej pomocy.

Wyrok jest prawomocny.

SYGN. AKT II FSK 1533/10