Organ podatkowy pokreślił, że jeżeli faktura została wystawiona w formie papierowej (niebędąca fakturą elektroniczną), to musi być przesłana do kontrahenta w takiej samej formie. Wynika to z par. 19 ust. 1 i 2 rozporządzenia w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od VAT (Dz.U. z 2011 r. nr 68, poz. 360). Ustawodawca w żadnym przepisie tego rozporządzenia, jak też w żadnym innym akcie prawnym nie dopuścił możliwości otrzymywania faktur drogą elektroniczną, w formie pliku PDF (które nie spełniają wymogów dla e-faktur), które po otrzymaniu są drukowane.

W ocenie organu podatkowego faktury, które zostaną otrzymane przez spółkę w formie elektronicznej – a następnie wydrukowane przez spółkę i wystawcę faktur – nie stanowią oryginału faktur, o którym mowa w art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2011 r. nr 177, poz. 1054 z późn. zm.).

Otrzymanie faktury poprzez systemy elektroniczne, bez stosowania przepisów regulujących tę materię, powoduje, że wystawione faktury nie są uznane na gruncie ustawy o VAT za dokumenty wprowadzone do obrotu prawnego. Skoro zaś nie zostały wprowadzone, nie mogą korzystać z ochrony prawnej. W rezultacie takie faktury nie spełniają warunków rozporządzenia, które uprawniają do odliczenia podatku naliczonego w nich zawartego.

Interpretacja dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z 26 lipca 2012 r. nr IPTPP4/443-251/12-6/ALN