Jeśli dochody z obligacji są osiągane przez polskich podatników, to są opodatkowane 19-proc. stawką podatku zryczałtowanego na podstawie art. 30 ust. 1 pkt 2 ustawy o PIT (t.j. Dz.U. z 2010 r. nr 51, poz. 307 z późn. zm.). Podatek ten pobierany jest przez płatników w momencie wypłaty. W przypadku sprzedaży obligacji opodatkowaniu 19-proc. stawką podlega różnica między przychodem uzyskanym ze sprzedaży obligacji a kwotą wydatków na ich zakup. Istnieje też zwolnienie podatkowe określone w art. 21 ust. 1 pkt 119 ustawy o PIT.

Jak mówi Filip Siwek, szef departamentu podatkowego w Kancelarii SWS, zgodnie z tym zwolnieniem, w przypadku obligacji nabytych na rynku pierwotnym, podatek pobierany jest tylko od tej części wypłacanych odsetek, które narosły faktycznie od momentu nabycia obligacji.

W przypadku natomiast osób fizycznych zamieszkałych poza Polską (nierezydenci objęci ograniczonym obowiązkiem podatkowym w Polsce), 19-proc. stawka będzie zastosowana przez płatnika, tylko jeśli umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania nie przewidują innych stawek.

Przykładowo umowy z Kanadą czy Indiami przewidują poza opodatkowaniem w państwie zamieszkania możliwość opodatkowania w Polsce, ale do maksymalnej wysokości 15 proc. Umowy z Włochami, Grecją, Irlandią, Rosją, Nową Zelandią, Australią, Japonią czy Chinami wskazują na 10-proc. stawkę. Jeszcze inne umowy przewidują bardziej preferencyjną stawkę 5 proc. – np. umowa z Finlandią, Niemcami, Wielką Brytanią. Umowy ze Szwecją, z Francją i z USA przewidują natomiast wyłączenie z opodatkowania w Polsce.

Istnieją też pewne zwolnienia podatkowe nierezydentów dla niektórych rodzajów obligacji. W rozporządzeniu ministra finansów w sprawie zaniechania poboru podatku (Dz.U. z 2008 r. nr 218, poz. 1395) oraz (Dz.U. z 2009 r. nr 108, poz. 900) ustanawiają ulgę podatkową dla zagranicznych inwestorów, zarówno dla osób fizycznych, jak i prawnych od dochodów z obligacji komunalnych – emitowanych przez miasto Warszawa oraz województwo mazowieckie.