Fundamentalną zmianą w rozliczaniu VAT jest modyfikacja ogólnej zasady dotyczącej miejsca świadczenia usług w transakcjach między podatnikami VAT z różnych krajów z miejsca siedziby usługodawcy na miejsce siedziby usługobiorcy. Wynika to z opublikowanej już ustawy z 23 października 2009 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług (Dz.U. nr 195, poz. 1504).

Proponowane zmiany w odniesieniu do miejsca świadczenia usług wprowadzają rozwiązania zmierzające do opodatkowania usług w miejscu ich konsumpcji. W przypadku trangranicznego świadczenia usług na rzecz podatników oraz osób prawnych niebędących podatnikami VAT w innym niż państwo siedziby usługodawcy państwie członkowskim, obowiązek ich rozliczenia ma spoczywać na usługobiorcy. Kontrole prawidłowości rozliczania przez usługobiorców usług świadczonych w ramach Wspólnoty ma wspierać obowiązek składania przez usługodawców informacji podsumowujących.

Zmiany dotyczą też skrócenia okresu, za który podatnicy muszą składać informacje podsumowujące – z kwartału do miesiąca oraz skrócenia terminu składania informacji podsumowujących (z 25 do 15 dnia miesiąca następującego po okresie sprawozdawczym, w którym powstał obowiązek podatkowy). Mają one usprawnić system wymiany informacji o transakcjach wewnątrzwspólnotowych między państwami członkowskimi, co powinno się przyczynić do zwalczania uchylania się od opodatkowania w zakresie VAT. Ustawodawca proponuje skorzystanie z przepisów fakultatywnych zezwalających na składanie informacji podsumowujących za okresy kwartalne, w terminie do 15 dnia miesiąca następującego po kwartale, w którym powstał obowiązek podatkowy.

Do 31 grudnia 2011 r. podwyższeniu ulegną limity uprawniające do składania informacji podsumowujących w systemie kwartalnym z 250 tys. zł do 500 tys. zł. Zmiany zakładają również m. in. składanie wniosku o zwrot podatku zapłaconego w innym państwie członkowskim w urzędzie skarbowym państwa, na terytorium którego podatnik ma siedzibę lub miejsce zamieszkania; umożliwienie przekazywania wniosków o zwrot podatku drogą elektroniczną.