Czas trwania wszystkich kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może w zależności od wielkości firmy przekraczać: 12, 18, 24 lub 48 dni roboczych. Jednak w postępowaniu kontrolnym prowadzonym przez organy kontroli skarbowej przepisy ustawy o swobodzie działalności gospodarczej o długości kontroli nie mają zastosowania, jeżeli w toku postępowania nie jest prowadzona kontrola podatkowa. Takie stanowisko przedstawiło Ministerstwo Finansów w odpowiedzi na interpelację poselską (nr 11861). Przepisy o swobodzie działalności gospodarczej mają zastosowanie wyłącznie do kontroli podatkowych prowadzonych w toku postępowania kontrolnego.

Zdaniem MF interpretacja taka znajduje potwierdzenie w art. 31 ust. 2 pkt 3 i 4 ustawy o kontroli skarbowej. Użyte w tej ustawie określenia: postępowanie kontrolne i kontrola podatkowa, oznaczają odpowiednio postępowanie podatkowe i kontrolę, o których mowa kolejno w dziale IV i dziale VI Ordynacji podatkowej. Postępowanie kontrolne nie jest więc kontrolą w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Celem tego postępowania jest bowiem dokonanie wymiaru zobowiązania podatkowego w prawidłowej wysokości i postępowanie to utożsamiać należy z postępowaniem podatkowym prowadzonym przez organy podatkowe.

Obowiązek stosowania tej ustawy w kontroli podatkowej wynika natomiast z art. 291c Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym do kontroli działalności gospodarczej podatnika będącego przedsiębiorcą stosuje się przepisy rozdziału 5 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.