Naruszenie prawa Unii przez polskiego ustawodawcę ma znaczenie zarówno z punktu widzenia dotychczasowych rozliczeń podatników, którzy użytkowali samochody, których dotyczył wyrok – tj. samochody z kratką oraz samochody spełniające tzw. wzór Lisaka, jak i ich rozliczeń bieżących oraz przyszłych.

Korekta rozliczeń

Przedsiębiorcy, którzy w przeszłości użytkowali tego typu samochody, tj. samochody z kratką oraz samochody spełniające tzw. wzór Lisaka, uprawnieni są do skorygowania wcześniej złożonych deklaracji i odzyskania nieodliczonego wcześniej podatku naliczonego m.in. z tytułu nabycia paliwa do takich pojazdów. Gdy podatnicy nadal użytkują samochody spełniające kryteria uprawniające do odliczenia paliwa przed 1 maja 2004 r. lub zgodnie z przepisami obowiązującymi przed 22 sierpnia 2005 r., wówczas mogą na bieżąco odliczać podatek naliczony wynikający z nabycia paliwa do takich samochodów.

Zwrot nadpłaty

Kwestie odzyskania nadpłaconego podatku są uregulowane w Ordynacji podatkowej. Zgodnie z jej przepisami podatnik, który chce odzyskać nadpłatę podatku w związku z wyrokiem ETS, powinien złożyć do właściwego naczelnika urzędu skarbowego wniosku o zwrot (nie o stwierdzenie) nadpłaty, wraz ze skorygowaną deklaracją (deklaracjami) za okresy, w których podatnik mógł odliczyć VAT, lecz go nie odliczał wskutek zakwestionowanych przez ETS przepisów. Normalnie podatnik powinien złożyć skorygowaną deklarację oraz wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Organ podatkowy będzie miał 30 dni na zwrot nadpłaty w przypadku zastosowania trybu szczególnego, czyli m.in. w związku z wyrokiem ETS, bądź dwa miesiące, w przypadku trybu ogólnego.

Bieżące rozliczenia

Do tej pory Ministerstwo Finansów nie zmieniło ustawy o VAT w zakresie odliczania podatku od zakupu samochodów i paliwa do nich. Nie zmienia to jednak faktu, że orzeczenie ETS staje się skuteczne, nawet jeśli nie zostanie zmieniona ustawa o VAT. Artykuł 10 TWE nakłada na państwa członkowskie obowiązek przestrzegania prawa wspólnotowego. Obejmuje to również obowiązek powstrzymania się od stosowania przepisu krajowego, jeśli prowadziłoby to do naruszenia prawa wspólnotowego. Zatem organ podatkowy nie może wydać decyzji niekorzystnej dla podatnika, w przypadku gdyby ten domagał się zwrotu nieodliczonego podatku lub gdyby na bieżąco odliczał podatek.

Jeśli np. podatnik posiada samochód spełniający warunki tzw. wzoru Lisaka, który zgodnie z przepisami krajowymi utracił prawo do odliczenia podatku przy nabyciu paliwa, może po prostu od razu zacząć odliczać podatek oraz wystąpić o zwrot podatku (składając deklaracje korygujące) za okresy wcześniejsze.

Wzór wniosku o zwrot VAT