Oprocentowanie nadpłaty przysługuje, jeżeli nie została ona zwrócona podatnikowi w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji o zmianie, uchyleniu lub stwierdzeniu nieważności decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego. Odsetki należą się także, gdy mimo zwrócenia nadpłaty w terminie do zmiany lub uchylenia decyzji ustalającej przyczynił się organ podatkowy. WSA w Białymstoku w wyroku z 19 stycznia 2012 r. (sygn. akt I SA/Bk 468/11) uznał, że nawet jeśli podatnik także przyczynił się do zmiany lub uchylenia decyzji ustalającej, w związku z czym powstała nadpłata, to nie ma to znaczenia dla jej oprocentowania.

W sprawie będącej przedmiotem rozstrzygnięcia podatnik – osoba fizyczna do 2010 r. uiszczał podatek od nieruchomości, mimo że od 2003 r. nieruchomość była objęta ustawą o podatku rolnym. Wystąpił on o zwrot nadpłaty, przy czym organ podatkowy odmówił wypłaty oprocentowania. Zdaniem WSA nawet jeżeli do powstania nadpłaty przyczyni się podatnik, to dla rozstrzygnięcia, czy przysługuje mu oprocentowanie nadpłaty, decydujące jest tutaj zachowanie organu podatkowego.

Przy ustalaniu wysokości podatku od nieruchomości kluczowe znaczenie mają zapisy ewidencji gruntów i budynków. Zatem tworząc dokumentację, której celem jest prawidłowy wymiar i pobór tego podatku, organ podatkowy jest obowiązany oprzeć się nie tylko na informacjach od właścicieli, lecz także na innych źródłach, w szczególności danych zawartych w ewidencji. Organ nie mógł bazować wyłącznie na wykazie nieruchomości złożonym przez podatnika.

W konsekwencji przyczynienie się organu podatkowego do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji ustalających wysokość zobowiązania, a przez to do powstania nadpłaty, było bezsporne. WSA uznał zatem, że podatnikowi przysługiwało prawo do oprocentowania nadpłaty od momentu jej powstania.