W podatkach dochodowych wątpliwości dotyczą rozliczenia straty na sprzedaży. W podatku od czynności cywilnoprawnych oraz w zakresie podatku od towarów i usług kwestią dyskusyjną jest samo podleganie tym podatkom. Cesja wierzytelności zwykle przyjmuje postać umowy sprzedaży. Umowa taka co do zasady podlega podatkowi od czynności cywilnoprawnych. Jednak z wyłączenia z PCC korzystają te umowy, w których przynajmniej jedna ze stron z tytułu dokonania tej czynności jest opodatkowana lub zwolniona z VAT.

Na podstawie tego właśnie przepisu znakomita większość umów sprzedaży wierzytelności będzie zwolniona z podatku od czynności cywilnoprawnych, choć sprawa ta budzi wiele kontrowersji.

W orzecznictwie sądowym spotkać się można z dwoma poglądami. Zgodnie z pierwszym z nich nabycie wierzytelności jest usługą, jaką nabywca świadczy na rzecz zbywcy przez zwolnienie zbywcy z ciężaru egzekucji wierzytelności. Usługa taka, będąc usługą ściągania należności, nie korzysta ze zwolnienia z VAT. Przyjmuje się przy tym, że wynagrodzeniem za taką usługę jest dyskonto, czyli różnica między wartością nominalną wierzytelności a ceną zbycia. Z kolei zgodnie z inną linią orzecznictwa w sytuacji zwykłego nabycia wierzytelności na podstawie przepisów kodeksu cywilnego o świadczeniu usługi ściągania wierzytelności nie może być mowy. Jeżeli podmiot nabywa wierzytelność w celu jej wyegzekwowania lub dalszej odsprzedaży, to wykonuje on usługi obrotu wierzytelnościami, które również podlegają VAT, ale są z niego zwolnione. To zagadnienie prawne jest obecnie przedmiotem rozpoznania przez skład 7 sędziów NSA.

Jednak z perspektywy podatku od czynności cywilnoprawnych istotne jest, że w obu podejściach spełnione są kryteria pozwalające na zwolnienie sprzedaży wierzytelności z podatku od czynności cywilnoprawnych.