Organy podatkowe są zdania, że jeśli sprzedawca energii wystawił faktury i zadeklarował wynikającą z nich akcyzę, a następnie zmniejszył ilość sprzedanej energii w fakturze korygującej, to korekta powinna zostać uwzględniona w rozliczeniach, w których podatnik wykazał fakturę pierwotną. Nie zgadzają się na ujęcie faktury korygującej in minus w miesiącu jej wystawienia.
Niestety, tak restrykcyjne stanowisko podzielił NSA w orzeczeniach z 10 maja 2013 r. (sygn. I FSK 453/13 oraz I FSK 441/13). Nie da się go niczym uzasadnić. Nawet z brzmienia przepisów ustawy akcyzowej można wywieść, że skoro faktury korygujące in minus nie zawierają terminu płatności, ponieważ stwierdzają nadpłatę, to można je rozliczyć w deklaracji za miesiąc ich wystawienia (art. 24 ust. 1 pkt 2 i art. 24b ust. 1 pkt. 2). Tak jak ma to miejsce na gruncie przepisów o VAT w odniesieniu do faktur korygujących zmniejszających podatek od energii elektrycznej i gazu ziemnego.
Zastosowanie się do stanowiska organów podatkowych i NSA powoduje, że podatnicy muszą nieustannie korygować przeszłe rozliczenia akcyzowe i występować o stwierdzenie nadpłaty. Nie da się tego wytłumaczyć ani koniecznością przeciwdziałania oszustwom podatkowym, ani potrzebą prowadzenia ewidencji dla celów akcyzy w sposób zapewniający odpowiednią kontrolę nad rozliczeniami akcyzowymi.
Minister finansów dostrzegł wady dotychczasowego podejścia i zamierza wprowadzić przepisy umożliwiające rozliczanie faktur korygujących in minus na bieżąco, w miesiącu ich wystawienia. Odpowiednie zmiany do art. 24 ust. 1 pkt 2 i art. 24b ust. 1 pkt 2 ustawy o akcyzie zostały już zaproponowane w projekcie nowelizacji (w tej chwili w Sejmie). Po wejściu w życie nowych przepisów faktury korygujące zmniejszające ilość energii elektrycznej lub gazu ziemnego będą mogły być rozliczane w miesiącu ich wystawienia. Z kolei faktury korygujące zwiększające ilość energii lub gazu będą, tak jak dotychczas, uwzględniane w miesiącu, w którym upływa termin ich płatności.