Sejm poparł w poniedziałek wszystkie 14 poprawek Senatu do ustawy przewidującej centralizację rozliczeń VAT w samorządach. Zgodził się m.in. na zmianę terminu wejścia z życie ustawy z 1 września na 1 października br.

Chodzi o poprawki do ustawy o zasadach rozliczeń w podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego.

Centralizacja VAT w samorządach stała się konieczna w związku z wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości UE z dnia 29 września 2015 roku oraz uchwałą NSA z dnia 26 października 2015 r., w których uznano, iż to gmina może być podatnikiem VAT, a nie jej jednostki czy zakłady budżetowe. Celem ustawy jest zapewnienie jednostkom samorządu terytorialnego instrumentów prawnych, wspomagających proces centralizacji oraz zmniejszenie uciążliwości związanych z centralizacją rozliczeń VAT w samorządach.

Większość przyjętych przez Senat 4 sierpnia i zaakceptowanych w poniedziałek przez Sejm poprawek to wnioski redakcyjne. Przewidziano w nich m.in. ujednolicenie odesłań zawartych w ustawie, czy eliminację niejednoznaczności przepisów. Jedna z nich zastępuje nieadekwatne pouczenie o odpowiedzialności karnej za składanie fałszywych zeznań, pouczeniem o odpowiedzialności karno-skarbowej za oszustwo podatkowe.

Inna z poprawek zakłada, że jeśli przed dniem wejścia w życie ustawy nie dokonano zwrotu środków unijnych, to jednostka samorządu terytorialnego nie będzie mogła dokonać odliczenia podatku w tym zakresie. Ponadto posłowie zgodzili się z zaproponowaną przez Senat zmianą terminu wejścia w życie przepisów - z 1 września b.r. na 1 października 2016 r. - co było niezbędne, by prawo nie działało wstecz.

Jak tłumaczył w toku prac parlamentarnych wiceminister finansów Wiesław Janczyk, "oczekuje się, że efektem obowiązywania projektowanej regulacji będzie obowiązkowe scentralizowanie rozliczeń podatku VAT w samorządach, brak konieczności zwrotu środków przeznaczonych na projekty przez samorządy, brak konieczności centralizowania rozliczeń VAT wstecz, brak konieczności wystawiania faktur korygujących oraz możliwość dalszego ewidencjonowania obrotu przy pomocy kas, których fiskalizacji dokonały jednostki organizacyjne, jednak nie dłużej niż do 31 grudnia 2018 r.".

TS UE uznał w 2015 r., że gminne jednostki budżetowe nie ponoszą ryzyka gospodarczego związanego z działalnością gospodarczą prowadzoną przez nie w imieniu i na rachunek gminy oraz nie odpowiadają za szkody spowodowane tą działalnością.

Konsekwencja wyroku to brak odrębności podatkowej samorządowych jednostek budżetowych, co oznacza, że wszelkie czynności przez nie dokonywane na rzecz osób trzecich powinny być rozliczone przez jednostki samorządu terytorialnego.

Co prawda wyrok TS UE nie dotyczył samorządowych zakładów budżetowych, ale Naczelny Sąd Administracyjny podjął w październiku ub. roku uchwałę, w której przyjął wobec zakładów budżetowych analogiczną interpretację. Dlatego należy uznać, że zakłady budżetowe również nie posiadają odrębności podatkowej.

Zgodnie z ustawą od 1 stycznia 2017 r. zostanie wprowadzona centralizacja rozliczeń w jednostkach samorządu terytorialnego w zakresie podatku VAT. Jak zapewnia rząd, do końca 2016 r. nie będą zatem kwestionowane rozliczenia dokonywane przez samorządy z zastosowaniem dotychczasowego modelu rozliczeń.

Scentralizowanie rozliczeń ma nastąpić "w przód" od 1 stycznia 2017 r., ale samorządy będą mogły podjąć decyzję o dokonaniu korekt rozliczeń (uwzględniając model scentralizowany – gmina rozlicza VAT jako podatnik).

Samorządy same zdecydują, jaki okres objąć scentralizowanym modelem rozliczeń, składając korekty deklaracji podatkowych za wszystkie okresy rozliczeniowe, w których jednostki organizacyjne rozliczały odrębnie podatek, licząc od najwcześniejszego okresu rozliczeniowego, za jaki zostały złożone te korekty, do momentu wprowadzenia modelu scentralizowanego.

Według rządu, wyrok TS UE może skutkować w niektórych przypadkach korzystania przez samorządy z programów finansowanych ze środków przeznaczonych na realizację projektów zmianą kwalifikowalności podatku VAT w części dotyczącej kwoty podatku naliczonego z tytułu nabycia towarów i usług finansowanej z tych środków. W związku z tym w ustawie przewidziano brak konieczności zwrotu tych środków od beneficjentów w przypadku braku korekty podatku naliczonego.