Wprawie każdej firmie, która rozlicza się z VAT, kiedyś nadchodzi moment, gdy postanawia ona zwrócić się do organu podatkowego o zwrot nadpłaty. Wszystko jest w porządku i firma zazwyczaj w ustawowych terminach otrzymuje taki zwrot, gdy duży nacisk kładzie się w niej na ścisłe przestrzeganie procedur podatkowych.

Jest bowiem ona wtedy w stanie na żądanie organu podatkowego przedstawić stosowną dokumentację, która do takiego zwrotu uprawnia. Nie jest wielkim problemem dopilnowanie odpowiedniej jakości dokumentacji, gdy mamy do czynienia z klasycznymi zakupami i sprzedażą krajową, z których wyniknie nadwyżka VAT do zwrotu. Problem z odzyskaniem podatku zaczyna pojawiać się wtedy, gdy mamy do czynienia z wewnątrzwspólnotową dostawą towarów. Pomijam już fakt, że takie transakcje podlegają szczególnej uwadze organów podatkowych z uwagi na liczne nadużycia w tej materii przy żądaniach zwrotu VAT naliczonego od zakupów, ale też i same firmy nie ułatwiają sobie tego zadania. Dlaczego? Ponieważ nie zwracają dostatecznej uwagi na to, że w sytuacjach, gdy żądają zwrotu nadwyżki zapłaconego VAT, niezmiernie istotne jest posiadanie dokumentów potwierdzających fakt, że towar został rzeczywiście dostarczony do kontrahenta w innymi kraju unijnym. Takim dokumentem są przede wszystkim CMR (tj. międzynarodowy list przewozowy – podstawowy dokument, na podstawie którego odbywa się przewóz ładunku, potwierdzający zawarcie umowy o przewóz) i faktury za transport towaru. Co się dzieje, gdy co prawda posiadamy takie dokumenty, ale np. w CMR nie został podany numer rejestracyjny samochodu, którym transportowany był towar, albo kontrahent po drugiej stronie nie potwierdził jego odbioru? Albo jeszcze gorzej, co się dzieje, gdy nie mamy takich dokumentów?
Organ podatkowy zazwyczaj wszczyna wtedy postępowanie mające na celu ustalenie, czy zwrot rzeczywiście nam się należy, a to oznacza dla firmy drogę przez mękę. Pomimo bowiem tego, iż w trakcie takiego postępowania dostarczymy brakujące dokumenty i udowodnimy tym samym, że zwrot VAT nam się należy, dajemy organowi podatkowemu do ręki narzędzie, które spowoduje, iż postępowanie może potrwać nawet kilka lat, zanim zakończy się ostateczną decyzją.
Zgodnie bowiem z art. 139 par. 1 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2015 r. poz. 613 ze zm.) organ podatkowy powinien przeprowadzić postępowanie dowodowe i wydać decyzję bez zbędnej zwłoki, ale nie później niż w ciągu miesiąca, a w przypadkach szczególnie skomplikowanych najpóźniej w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia tego postępowania. Brzmi nie najgorzej, ale niestety w tej procedurze jest pewien haczyk. Otóż zgodnie z art. 140 par. 1 ordynacji podatkowej o każdym przypadku niezałatwienia sprawy w ustawowym terminie organ podatkowy ma obowiązek zawiadomić podatnika pisemnie, z podaniem przewidywanego kolejnego terminu załatwienia sprawy i uzasadnienia, dlaczego sprawy nie załatwił w tym terminie ustawowym.
I tutaj zaczyna się nierówna walka podatnika z fiskusem, w mojej ocenie w wielu przypadkach tak naprawdę o byt. Żaden bowiem przepis prawa nie precyzuje, ile razy organ podatkowy ma prawo dokonać takiego przedłużenia terminu załatwienia sprawy. Jeżeli więc tylko urzędnik skarbowy się nie zagapi i w odpowiednim terminie wyśle podatnikowi decyzję o kolejnym przedłużeniu terminu załatwienia sprawy z uwagi „na konieczną wnikliwą analizę materiału dowodowego”, w którego posiadaniu zazwyczaj jest już od wielu miesięcy, to takiej decyzji nie możemy zaskarżyć. Co gorsza, podatnik nawet nie ma prawa odwołać się do sądu i poskarżyć na opieszałość w załatwieniu sprawy przez organ podatkowy, bo ten sprawę właśnie analizuje, a więc opieszały nie jest. W tej sytuacji nie ma innego wyjścia, jak tylko uzbroić się w cierpliwość i czekać, aż organ zechce wydać decyzję, która w końcu otworzy drogę nieszczęsnej firmy do procedury odwoławczej, gdyby ta okazała się dla niej negatywną. To jednak w dalszym ciągu nie oznacza, że sprawa musi zakończyć się szybko, otrzymaniem należnej nadwyżki VAT na konto firmy. Jest bowiem rzeczą powszechną, że organ podatkowy drugiej instancji zazwyczaj podtrzymuje negatywne decyzje organu niższej instancji, a w sądzie administracyjnym nie dość, że terminy rozpraw są odległe, to wynik wcale nie do końca taki pewny. W konsekwencji dla wielu firm może to oznaczać upadłość z uwagi na utratę płynności finansowej.