Skorzystanie ze zwolnienia podatkowego przewidzianego dla działalności w specjalnej strefie ekonomicznej nasuwa wątpliwości przedsiębiorców realizujących projekty na obszarze tylko jednej strefy, za to w ramach kilku zezwoleń.
Główną korzyścią przyciągającą inwestorów jest pomoc publiczna stanowiąca zwolnienie z opodatkowania dochodów z działalności gospodarczej prowadzonej w strefie na podstawie zezwolenia udzielanego zgodnie z przepisami o specjalnych strefach ekonomicznych (art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT oraz art. 21 ust. 1 pkt 63a ustawy o PIT). Pomoc ta przysługuje z tytułu tworzenia nowych miejsc pracy oraz ponoszenia kosztów nowej inwestycji, a jej rozmiar zależy od lokalizacji strefy. Organy podatkowe podkreślają, że zwolniony z opodatkowania jest dochód ze ściśle określonej w zezwoleniu działalności gospodarczej, prowadzonej na terenie konkretnej SSE, dla której ustalana jest wielkość pomocy publicznej. I chociaż ich stanowisko nie jest jednolite, to często wskazują na konieczność oddzielnego ewidencjonowania przychodów i związanych z nimi kosztów każdego z projektów objętych odrębnym zezwoleniem (tak np. dyrektor IS w Poznaniu w interpretacji z 14 stycznia 2016 r., nr ILPB3/4510-1-487/15-2/KS). Łączne rozliczanie projektów prowadzonych w strefie w ramach kilku zezwoleń może bowiem wpłynąć na wysokość zobowiązania podatkowego. Nie jest zatem możliwe chronologiczne wykorzystanie limitów pomocy wynikających z poszczególnych zezwoleń w odniesieniu do sumy dochodów osiągniętych z działalności w tej samej strefie.
Pogląd taki zakwestionował WSA we Wrocławiu w wyroku z 23 lutego 2016 r. (sygn. akt I SA/Wr 1830/15). Stwierdził, że rozporządzenie Rady Ministrów z 10 grudnia 2008 r. (Dz.U. z 2008 nr 232 poz. 1548) przewiduje jedynie obowiązek wydzielenia organizacyjnego działalności w przypadku, gdy jest ona prowadzona zarówno na terenie SSE, jak i poza jej obszarem. Brak jest zatem podstaw dla oddzielnego ustalania osiągniętego dochodu (poniesionej straty) z każdego rodzaju działalności objętej oddzielnymi zezwoleniami, ponieważ określają one wyłącznie wartość pomocy możliwej do wykorzystania przez przedsiębiorcę, a nie zasady ustalania wyniku podatkowego osiąganego z działalności na terenie SSE.