MF wyjaśnił w tzw. interpretacji ogólnej, że zasada ta dotyczy wątpliwości co do treści przepisów prawa, a nie wątpliwości co do stanu faktycznego. Minister zastrzegł jednak, że przepisy należy tak stosować, aby ustalić, jakie fakty w sprawie miały miejsce, a jakie nie zaistniały. Rozstrzyganie wątpliwości należy do organu podatkowego, ale - jak zastrzega minister - także podatnik może powoływać się na ten przepis i żądać jego zastosowania przez organ.
Ponadto zdaniem MF nie ma "żadnych uzasadnionych powodów, które uniemożliwiałyby stosowanie tego przepisu także w sprawach innych podmiotów obciążanych obowiązkami wynikającymi z przepisów prawa podatkowego - płatników, inkasentów, następców prawnych podatnika czy osób trzecich odpowiedzialnych za cudze zobowiązania podatkowe".
MF tłumaczy, że przez „korzyść podatnika” należy rozumieć optymalne dla niego rozwiązanie prawne spośród tych, które zarysowały się w trakcie wykładni przepisu. "To, jakie rozwiązanie jest korzystniejsze dla podatnika, wskazuje sam podatnik np. dokonując rozliczenia w treści deklaracji podatkowej albo prezentując swoje stanowisko w tym zakresie w toku postępowania podatkowego" - dodano w interpretacji.
Minister zaznaczył, że wskazywana przez podatnika interpretacja przepisu i sposób jego zastosowania może zostać zakwestionowana przez organ podatkowy. Musi on wykazać, że treść przepisu nie budzi wątpliwości na tle tej konkretnej sprawy albo - jeżeli przepis budzi pewne wątpliwości - wykazać, że wątpliwości te da się usunąć, a wynik prawidłowo przeprowadzonej wykładni przepisu jest inny niż wskazywany przez podatnika.
"Organ podatkowy, przy wykładni przepisów prawa podatkowego, powinien uwzględnić orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej" - podkreślił minister.
"Zwrócić należy uwagę, że sąd administracyjny, badając legalność działania organów podatkowych, będzie mógł uchylić decyzję np. w sytuacji, gdy organ podatkowy nie zastosował art. 2a Ordynacji podatkowej, a - zdaniem sądu - istniały ku temu ustawowe przesłanki" - wyjaśnił minister.
"Jeśli organ podatkowy natrafi na wątpliwości co do znaczenia przepisu w konkretnej sytuacji faktycznej, a wątpliwości tych nie będzie można usunąć w trakcie prawidłowo prowadzonej wykładni przepisów prawa podatkowego, to wówczas stosując art. 2a Ordynacji podatkowej, powinien przyjąć znaczenie przepisów korzystniejsze dla podatnika" - czytamy w interpretacji.
Natomiast jeśli organ podatkowy dojdzie do wniosku, że w sprawie można zastosować więcej niż jedną, równorzędną i korzystną dla podatnika interpretację przepisu, organ ten powinien wybrać tę korzystniejszą dla podatnika. "W przypadku, gdy organ nie jest w stanie ustalić, która z różnych interpretacji jest korzystniejsza (...), powinien uzyskać stanowisko podatnika co do wyboru najkorzystniejszej dla niego interpretacji" - wskazano.
Menedżer w firmie doradczej Crido Taxand Patrycja Kowalczyk oceniła w niedawnej rozmowie z PAP, że klauzula o rozstrzyganiu wątpliwości na korzyść podatnika, może zostać przepisem martwym.
"Zgodnie z taką treścią klauzuli, na korzyść podatnika mają być rozstrzygane wątpliwości tylko co do treści przepisów, natomiast klauzula nie będzie dotyczyć wątpliwości, co do stanu faktycznego" - powiedziała Kowalczyk.
Jej zdaniem niezależnie od tego pojawia się pytanie, czy organy podatkowe w ogóle będą miały kiedykolwiek wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego. "Dlatego pojawia się uzasadniona obawa, że ta klauzula może okazać się martwym przepisem i tak naprawdę w niewielu przypadkach znajdzie praktyczne zastosowanie" - mówiła Kowalczyk.