Podczas wcześniejszych prac podkomisji nad prezydencką propozycją posłowie zastąpili m.in. pierwotny zapis "nie dające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika", zapisem "w przypadku różnych wyników wykładni przepisów prawa podatkowego organ podatkowy przyjmuje wykładnię korzystną dla strony postępowania".
Wiceminister finansów Janusz Cichoń tłumaczył wówczas, że rozwiązanie to jest zdecydowanie lepsze niż to zaproponowane w pierwotnej wersji projektu. Podkreślił, że idea prezydenta jest szlachetna, ale najwięksi eksperci z dziedziny prawa podatkowego wskazywali na "nienajlepsze" sformułowanie zasady in dubio pro tributario w projekcie. Zaznaczył, że w obecnej wersji będzie ona miała zastosowanie w przypadku różnych wykładni przepisów, a nie np. gdy wątpliwości co do ich stosowania będzie miał podatnik.
W środę podczas drugiego czytania w Sejmie Genowefa Tokarska (PSL) zgłosiła jednak poprawkę przywracającą pierwotny zapis kwestii rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika. W efekcie projekt prezydencki ponownie został przesłany do sejmowej komisji finansów.
W środę w Sejmie odbyło się też drugie czytanie rządowego projektu zmian w Ordynacji podatkowej. Zbigniew Konwiński (PO) referując przebieg prac sejmowej komisji finansów nad tym dokumentem poinformował, że celem projektu jest m.in. usunięcie wielu praktycznych problemów związanych ze zmieniającym się otoczeniem prawnym. "Jego głównym celem jest zracjonalizowanie i uproszczenie procedur podatkowych, a także informatyzacja procedur oraz uszczelnienie systemu poboru podatków, a także kompleksowa regulacja kwestii pełnomocnictw" - mówił Konwiński.
Dodał, że podczas prac komisja wprowadziła klika poprawek, które miały głównie charakter doprecyzowujący i legislacyjny. Zaznaczył jednak, że jedną z merytorycznych poprawek jakie zaproponowała komisja, było przeniesienie z równolegle procedowanego projektu prezydenckiego dotyczącego zmian w Ordynacji podatkowej do rządowego dokumentu zapisu, który mówi, że przygotowując korektę deklaracji podatkowej nie trzeba będzie tłumaczyć przyczyn tej korekty.
Do projektu wprowadzono też poprawkę dotyczącą wejścia w życie przepisów o pełnomocnictwach, a także zmianę, która mówi, że dłużnik rzeczowy, który zapłacił należność podatkową zabezpieczoną hipoteką przymusową lub zastawem skarbowym uzyska zaświadczenie potwierdzające zapłatę należności.
W środę posłowie nie zgłosili do rządowego projektu żadnych poprawek.
Rządowy projekt noweli Ordynacji podatkowej przewiduje też wyznaczanie jednego, "wiodącego" urzędu do postępowania w sprawach podmiotów powiązanych. Ma się to przyczynić do usprawnienia i przyspieszenia kontroli podatkowych oraz postępowań podatkowych w sprawach firm powiązanych, objętych właściwością miejscową różnych urzędów.
Propozycja zawiera też przepisy wprowadzające pełnomocnictwa ogólne w procedurach podatkowych, do reprezentowania we wszystkich sprawach podatkowych. Pełnomocnictwo ma być składane elektronicznie do centralnego rejestru i nie będzie podlegać opłacie skarbowej.
W dokumencie przewidziano też możliwość zapłaty podatku za pomocą karty płatniczej oraz informatyzację sprawdzania dokumentacji księgowej. Projekt wprowadza też rozwiązania, które mają promować zachowania podatników przejawiające się w samodzielnym korygowaniu błędów w deklaracjach w przypadku zaniżenia zobowiązania podatkowego, bez oczekiwania na działanie organu podatkowego. Podatnicy sami ujawniający błędy w rozliczeniach mogliby liczyć na niższe odsetki.
Wysokość obniżonej stawki odsetek za zwłokę wyniesie 50 proc. stawki podstawowej. Jednak ujawnione przez organy podatkowe błędy w zakresie rozliczania podatków najistotniejszych z punktu widzenia wpływów budżetowych: VAT, podatku akcyzowego oraz ceł będą objęte karną stawką w wysokości 150 proc. stawki podstawowej. Pierwotnie MF zamierzało wprowadzić karną stawkę w wysokości 200 proc., ale złagodziło swoje stanowisko.
Karne stawki mają dotyczyć sytuacji, w których zobowiązanie podatkowe zostało zaniżone (lub też została zawyżona nadpłata lub kwota do zwrotu podatku) o ponad 25 proc. kwoty należnej i wyższej niż pięciokrotność minimalnego wynagrodzenia (obecnie byłoby to 8750 zł).