Sprawa dotyczyła spółki, która złożyła wniosek o zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w terminie 25 dni od złożenia deklaracji. Jest to termin przyspieszony, ponieważ zasadniczo wynosi on 60 dni.
Organy podatkowe uznały, że spółka nie spełniła warunków określonych w art. 87 ust. 6 ustawy o VAT. Zgodnie z tym przepisem urząd skarbowy ma obowiązek zwrócić różnicę podatku w ciągu 25 dni, jeżeli kwoty podatku naliczonego wynikają z faktur, które zostały w całości zapłacone, z uwzględnieniem art. 22 ustawy z 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz.U. z 2010 r. nr 220, poz. 1447 ze zm.). Przepis ten nakłada obowiązek dokonywania lub przyjmowania płatności związanych z wykonywaną działalnością gospodarczą za pośrednictwem rachunku bankowego przedsiębiorcy zawsze, gdy: stroną transakcji jest inny przedsiębiorca, oraz jednorazowa wartość transakcji przekracza równowartość 15 tys. euro.