Przedsiębiorca, u którego rozpoczęła się kontrola podatkowa, może złożyć sprzeciw na prowadzone czynności w ciągu trzech dni od momentu ich rozpoczęcia.
Zgodnie z art. 291c Ordynacji podatkowej (t.j. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.) do kontroli podatkowej przedsiębiorców, dotyczącej ich działalności gospodarczej, stosuje się przepisy rozdziału V ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Paweł Satkiewicz, starszy konsultant w Doradztwo Podatkowe WTS & Saja, podkreśla, że przepisy ustawy o swobodzie działalności gospodarczej przewidują m.in. prawo przedsiębiorcy do wniesienia sprzeciwu wobec podjęcia i wykonywania przez organy kontroli czynności kontrolnych z naruszeniem przepisów dotyczących wszczęcia kontroli, jej prowadzenia, wykonywania kontroli podczas nieobecności kontrolowanego lub osoby przez niego upoważnionej, zakazu podejmowania i czasu trwania kontroli, a także prowadzenia więcej niż jednej kontroli u przedsiębiorcy.